如何将木星笔记本转换成学术论文格式？

Question

我有一个木星笔记本，包含了所有的内容，我想在学术论文(文本，方程式和情节)，连同代码，我想隐藏。

是否有一种以编程方式将笔记本转换成可供提交日志的表单的方法？理想情况下，我想要像其功能这样的东西来创建学术风格的论文，但是对于木星，而不是专注于R的工具。

我已经为几种杂志找到了模板 (包括我想要提交的那本)，但还不清楚这与木星的整合有多好。

我还找到了关于在论文编写过程中使用朱庇特笔记本的这描述，但作者似乎只是将其用于数据分析和生成绘图；它可能也是一个标准脚本。

如果这还不存在，那么为这个任务制作一个可重用的工具需要什么呢？一个nbconvert自定义出口商是足够的，还是我需要一个完整的木星扩展，以指定书目和绘图/表的位置从笔记本界面？

Answer 1

将您的笔记本转换为减价，然后使用带有过滤器的pandoc (和)转换为Word。

你需要标题，章节，交叉引用，引文，编号，数字和带有标题的表格…。下面是一个工作流程:您可以首先将您的笔记本转换为减价，这可以很容易地使用nbconvert完成：

jupyter nbconvert --to markdown --no-prompt your_notebook.ipynb

-不提示:如果您不想在手稿中添加代码单元，将有助于消除代码单元格。您还可以在最终输出中不想要的标记单元中使用隐藏细胞。然后您需要pandoc和两个过滤器和。我使用windows和anaconda 3来安装它们：

https://anaconda.org/conda-forge/pandoc

https://anaconda.org/conda-forge/pandoc-crossref

幸运的是，通过anaconda安装pandoc也会带来pandoc。您需要一个与pandoc版本(目前是Pandoc2.5 )兼容的pandoc。因此，在从conda安装时，可以使用：

conda install -c conda-forge pandoc=2.5

然后您可以简单地运行：

conda install -c conda-forge pandoc-crossref

最关键的是减价语法。你必须用标记语法写你的笔记本，这在木星笔记本中是默认的。有趣的例子是这里、这里和这里也是 :)。你还需要一个.bib格式的参考文件来管理你的引文。然后，只需运行命令：

pandoc -s your_notebook.md -o your_notebook.pdf -F pandoc-crossref -F pandoc-citeproc --bibliography=your_references.bib -f markdown 

你可以把你的整个笔记本写成一份干净漂亮的手稿

pandoc还有许多其他的定制选项:颜色链接、纸张大小、几何图形、数字部分…。(见pandoc -help)

因此，写一个定制的木星出口商，你可以结合这两个命令，并输出你的笔记本作为一份手稿。

这里的另一个有趣的方法是https://github.com/chrisjsewell/ipypublish