[Errno -101\] NetCDF:打开netcdf文件时的HDF错误

Question

打开netcdf文件时出现了此错误。代码以前起作用了。如何解决这个问题?

回溯(最近一次调用)： 文件""，第1行，在…… 文件"file.py"，第71行，在gather_vgt返回xr.open_dataset(文件名) 文件"/.../lib/python3.6/site-packages/xarray/backends/api.py"，第286行，在open_dataset autoclose=autoclose中) 文件"/.../lib/python3.6/site-packages/xarray/backends/netCDF4_.py"，第275行，在open ds = opener()中 文件"/.../lib/python3.6/site-packages/xarray/backends/netCDF4_.py"，第199行，以_open_netcdf4_group ds =nc4.Dataset(文件名，mode=mode，**kwargs)为单位 文件“netCDF4 4/_netCDF4.pyx”，第2015行，在netCDF4._netCDF4.Dataset.init中 netCDF4._netCDF4._ensure_nc_success文件“netCDF4 4/_netCDF4.pyx”，第1636行 OSError: Errno -101 NetCDF: HDF错误: b'file.nc‘

当我试图用h5py打开同一个netcdf文件时，我会得到以下错误：

OSError:无法打开文件(此文件系统上禁用文件锁定(使用HDF5_USE_FILE_LOCKING环境变量覆盖)，errno = 38，错误消息=‘.’)

Answer 1

你一定处于这样的情况：

• 您的HDF5库已经更新(1.10.1) (netcdf在幕后使用HDF5 )
• 您的文件系统不支持HDF5库使用的文件锁定。

为了读取hdf5或netcdf文件，需要设置以下环境变量：

 HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE

作为参考，这是在HDF5版本1.10.1中介绍的，

添加了禁用SWMR文件锁定方案的机制。HDF5 1.10.0中使用的文件锁定调用(包括patch1) 当基础文件系统不支持文件时，将失败。 锁定或已禁用锁的位置。禁用所有文件 锁定操作，一个名为 可以将HDF5_USE_FILE_LOCKING设置为五个字符的字符串。 “法斯”。这不会从根本上改变HDF5库。 操作(除了打开/创建初始文件外，SWMR没有锁定)， 但是用户必须更加小心地打开文件。 为了避免有问题的访问模式(即:多个写入器)>文件锁定被设计为防止。此外，当文件锁定时发出的错误消息。 操作将errno设置为ENOSYS (典型的情况是文件锁定)。 )已经更新，以描述问题和潜在的 决心更好。(DER，2016/10/26，HDFFV-9918)

Answer 2

在我的例子中，@Florian建议的解决方案没有效果。我找到了另一种解决方案，这表明导入h5py和netCDF4的顺序很重要(参见这里)。

事实上，以下几点对我来说是可行的：

from netCDF4 import Dataset
import h5py

如OP所述，切换顺序会导致错误。