如何在R中读取特定的.Matrix文件

Question

我有一个.Matrix文件，有人告诉我它类似于.csv文件，我通过web浏览器查看，它看起来如下：

%TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1

集群，,3,3,2,2,1,1,3,1,1,1,1,3,2,3,1,2,2,1,1,3,3,1,2,1,3,1,1,2,1,3,3,2,3,3,1,1,1,1,1,3,3,1,2,3,2,1,1,1,1,2,1,2,2,3,1,3,2,2,2,1,3,3,2,3,3,1,2,3,3,2,2,2,3,2,2,2,1,1,2,1,1,2,1,1,1,1,2,3,1,3,2,3,3,3,3,2,1,1,3,3,3,1,1,1,2,1,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,3,1,3,2,3,1,1,3,2,2,3,3，1,3,1,1,2,1,2,2,1,1,3,3,1,2,1,2,2,2,2,2,1,3,1,2,3,2,2,2,2,3,2,1,1,2,3,3,2,1,3,1,1,1,1,3,3,3,1,3,3,1,2,2,3,2,3,2,2,3,1,2,2,1,3,1,2,2,3,1,2,3,2,3,3,1,3,2,3,1,1,2,3,1,1,3,2,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,2,1,2,2,2,3,1,3,3,3,1,3,1,1,3,2,3,1,3,2,1,3,1,1,1,2,3,3,3,1,3,3,3,1,1,2,2，3,2,3,3,3,1,3,3,1,1,2,3,2,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3,2,2,1,1,1,1,1,3,1,1,2,3,3,1,1,3,2,2,1,1,2,1,1,3,2,1,2,1,2,3,2,1,1,3,2,1,3,2,1,2,2,1,3,3,1,3,3,2,3,2,3,1,3,3,3,3,2,1,3,2,3,3,3,2,1,2,1,2,3,1,1,3,3,3,3,3,2,3,3,1,3,1,1,2,3,3,3,3,3,3,2,2,2,3,1,2,3,3,3,3,2,1,2,2,3,2,3,2,3，2,3,3,2,1,2,3,3,2,1,2,3,3,3,1,3,2,3,3,1,2,2,3,1,1,2,2,3,2,1,1,2,2,1,3,1,2,3,1,3,1,1,2,3,3,1,2,3,2,2,1,1,2,3,2,2,2,1,2,1,2,2,3,2,1,2,1,3,1,2,3,1,2,3,1,2,1,1,2,1,3,3,3,1,3,3,2,2,2,1,2,3,1,3,1,2,1,3,1,2,2,1,2,3,1,1,3,3,2,2,3,1,1,2,1,1,1,2,1,2,3,3,2,2,1,2,3,2,3,1,2,2，2,1,3,3,3,3,3,3,2,3,2,1,2,1,3,3,1,3,3,1,3,2,3,3,1,2,3,3,3,3,3,1,2,1,2,1,1,1,1,2,2,3,1,1,2,3,2,3,2,2,3,3,1,2,1,3,2,3,2,2,3,2,3,1,1,1,3,1,2,3,1,3,2,3,2,2,1,2,3,1,3,2,1,2,3,1,3,1,2,2,1,3,3,2,1,3,3,1,2,3,1,2,1,1,3,1,3,2,3,3,3,3,2,2,1,1,3,3,2,1,3,1,1,3,3,3,1,3,3,1,1,3，3,3,1,1,3,3,2,1,3,2,3,1,3,2,2,2,2,2,3,3,1,2,2,3,2,3,3,1,3,1,3,3,1,3,2,1,2,3,1,3,1,3,2,2,1,1,1,1,3,2,3,3,2,2,3,2,3,1,3,2,1,2,3,1,2,2,1,1,1,3,3,2,3,3,3,3,2,3,1,1,3,3,3,1,1,3,2,1,2,3,2,3,1,3,3,2,1,1,1,1,3,3,2,3,1,2,1,3,3,3,2,2,2,2,3,3,1,1,2,3,2,2,3,3,2,2,3,3,3,2,2,1，2,2,3,3,3,3,1,2,2,3,2,2,2,2,3,2,2,2,1,1,2,2,2,1,2,3,2,2,3,3,2,1,3,1,2,2,1,3,2,3,1,1,3,1,2,2,2,3,3,1,3,3,1,2,1,2,3,1,3,2,3,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,1,3,3,1,3,2,2,2,3,2,1,2,3,3,2,1,2,1,2,1,1,3,3,1,1,3,2,1,3,2,1,3,3,3,2,2,2,1,3,2,3,2,3,1,2,3,1,3,3,1,1,3,2,1,2,3,2,1,1,2,3，1,3,2,1,2,2,3,2,2,1,3,2,1,1,3,3,2,1,3,1,2,2,1,2,2,3,2,2,2,3,1,1,3,3,3,3,1,2,2,3,3,3,2,1,3,2,1,2,3,3,1,3,2,1,2,1,1,2,2,3,2,2,3,1,2,3,2,3,1,2,3,3,2,3,3,1,1,2,1,1,1,3,1,3,1,3,3,2,3,1,2,2,1,2,3,3,2,3,2,3,2,1,1,3,2,3,2,3,1,1,3,1,3,2,1,3,2,2,2,3,1,1,2,3,1,1,1,2,3,3,3,1，2,3,3,3,3,2,3,1,3,1,3,2,3,2,3,3,1,1,2,3,1,1,3,3,2,3,3,1,2,3,1,2,3,3,2,3,3,2,1,2,3,3,2,3,1,2,2,3,1,2,1,3,2,3,1,2,2,3,3,2,2,3,1,3,3,3,3,2,3,2,2,1,3,1,2,1,1,1,3,2,3,1,1,1,1,3,3,2,3,1,1,2,1,3,1,2,3,3,2,2,1,1,3,2,2,3,1,2,3,3,3,2,1,2,2,3,1,3,3,2,1,2,2,3,3,2,2,3,2,1,1,3，1,3,3,1,3,2,3,3,3,1,1,1,3,1,2,2,3,2,3,2,3,1,1,2,1,2,1,3,3,1,3,3,2,2,1,3,1,2,2,3,2,2,2,3,3,2,1,1,1,1,3,1,1,2,1,2,2,3,3,2,3,3,3,2,1,1,3,2,2,2,3,1,3,3,3,2,2,3,1,3,3,3,1,3,3,3,2,3,1,2,1,1,3,1,2,3,2,1,3,3,2,1,3,2,3,2,3,1,2,2,3,3,2,3,3,3,1,2,3,3,3,3,3,1,1,2,3,1,2,1,1,1，1,2,1,1,2,3,1,3,3,2,2,3,2,2,1,3,2,2,3,1,1,1,1,1,3,1,3,1,1,3,2,2,3,3,3,1,2,2,3,3,2,3,2,3,3,2,1,2,3,3,1,3,1,2,1,1,2,2,2,2,2,2,1,3,1,3,2,3,2,2,2,2,2,3,2,2,1,3,1,1,1,2,1,2,1,2,1,3,1,3,3,1,3,1,3,3,1,3,2,3,3,3,3,1,3,3,2,3,2,3,3,3,1,1,2,2,3,3,3,2,2,3,3,1,3,1,2,1,2,2,1,1，3,3,1,1,3,1,1,1,2,2,3,2,2,2,3,3,1,2,1,2,2,2,3,2,2,1,2,1,1,1,3,3,3,2,1,3,3,3,2,2,3,1,2,1,3,1,3,3,1,3,2,3,2,2,1,1,1,3,3,2,3,1,3,2,2,2,2,2,3,1,3,2,3,1,3,1,3,1,2,3,2,2,3,3,3,3,3,1,1,2,3,3,2,3,1,3,3,1,3,3,2,2,1,3,3,3,3,2,1,3,2,2,2,3,3,1,1,3,3,3,1,3,1,1,2,3,1,3,3,3,2,1，3,1,2,1,3,2,2,3,1,3,1,2,3,3,3,2,2,3,1,2,1,1,1,2,3,1,2,3,2,3,3,2,1,1,2,3,3,1,2,3,1,1,1,3,1,2,3,1,2,3,2,2,3,2,3,2,3,1,2,3,3,1,3,3,2,2,1,1,2,3,2,2,3,3,2,1,1,1,3,3,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,3,3,1,1,3,2,3,3,2,3,1,3,3,1,3,3,2,3,3,2,3,1,3,3,3,3,3,1,1,3,2,2,3,3,3,3,1,1,1,1,3,2，3,3,1,3,2,2,1,1,1,1,3,2,2,3,2,2,3,3,2,3,1,1,1,3,3,3,3,2,3,1,3,3,1,1,3,3,1,3,3,3,1,3,2,1,1,3,3,2,3,3,3,2,2,1,3,3,3,1,2,2,2,2,1,2,2,1,2,3,2,1,2,2,3,3,3,3,3,2,2,3,2,2,3,2,1,3,1,1,2,2,3,1,2,3,2,1,3,1,1,2,1,2,2,3,1,2,2,3,3,1,3,2,1,3,3,2,1,3,3,3,1,3,2,3,3,2,3,2,2,3,2,1，3，3，3，3，2，1，3，3，3，3，3，3，3

tSNE-1，,8.13846968090103,12.8635212043927,10.3864480425066,7.17083119797853，-72.7452686458686，-49.79600884995，45.63460621346，-50.3693843293848，-53.2415432674881，-54.6891175204711，-46.4635164735514,4.49644447816871,3.98243750756555，-9.99729157677144，-98.1041739031645,14.4129117311442,21.8090838800674，-46.5547640077783，-65.8379505581324,39.8907136841164,45.2453417297103，-43.4054353275594,5.58370171555427，-82.6419520577671,42.7647608862027，-91.125151907502，-37.9838559192307,62.9924569510685，-69.108888726706,62.7774653919852,60.3873481045592,62.825

我试着读了read.csv的文章：

test=read.csv('TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1.Matrix'，sep='‘) str(测试)‘data.framework’：33141个。在一个变量中：$ X.TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1:因子w/ 33141 截断的，.：13453 31099 31100 1 2 4 5 6 7.

我应该如何阅读它的正确格式，例如，第一个字符的‘序列’(列表?我猜？)作为行名。

提前感谢！

对不起，我不能提供数据链接，因为它没有发布；但是我可以告诉您数据的样子：

%TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1 
cluster,1,2,3,2,3….
tsne-
1,-41,-80…..
tsne-
2,-41,-80…..
tsne-
3,-41,-80…..
(and the rest are all started with gene name and number, such as)
genea, 0,2,1,0…
….
genez,0,2,1,0

我想要的输出是删除前4个因素(聚类，tsne-1，tsne-2，tsne-3)，并提取基因转录矩阵，例如：

V1 V2 V3 V4 V5
1  0  0  0  0  0
2  0  0  0  0  0
3  0  0  0  0  0
4  0  0  0  0  0
5  0  0  0  0  0

Answer 1

我从以下几个方面得出结论：

read.csv("E2.Matrix", skip=1)

由于第一行是注释，所以根据安排.Matrix文件的生物技术人员

“谢谢！”