R中的随机网络图

Question

我正在实现下面的代码，以便在R(6301个节点，20777个边)中建立一个ER随机网络，以便将它与给定的有向网络进行比较，但是当我绘制它时，它看起来一点也不像随机网络(没有箭头/线条)！

library(igraph)


rayyan <- erdos.renyi.game(6301,20777, type="gnm",directed = TRUE)

#plot graph
plot(rayyan)

# print degree
degree(rayyan)

# normalised degree distribution
plot(degree.distribution(rayyan), xlab="node degree")

transitivity(rayyan)

谢谢你的帮忙

Answer 1

这里有两个主要问题。

1. 你的图形布局很差，可以显示
2. 你的图表太忙了，你看不了多少。

既然你没有设置种子，我们就不能准确地复制你得到的图表。我将用一个特定的随机种子重新创建这个图，以创建一个可重复的例子。

set.seed(1234)
rayyan <- erdos.renyi.game(6301,20777, type="gnm",directed = TRUE)
plot(rayyan)

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我什么也看不见。在一定程度上，图区域的不成比例的数量被用来保持九个单个节点与其余节点分离。我们可以通过省略这些节点来做得更好。我们可以减少页边距，取消节点标签，并使箭头更小，以挤压更多的小空间可用。

Single = c(354,437,593,1585,1635,2405,4705,5341, 5818)
rayyan2 = induced_subgraph(rayyan, V(rayyan)[-Single])
plot(rayyan2,vertex.size=3, vertex.label=NA,
     edge.arrow.size = 0.3, margin=-0.25)

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至少，您现在可以看到它是一个图，但是有6292个节点和20777个边，它非常拥挤，很难看到。有太多的东西放不进那个空间。