如何使用pyDicom替换同一DICOM文件中的像素数据，并使用任何DICOM查看器重新读取？

Question

我想读一些DICOM文件，所以我正在测试pydicom的工作，我认为这是相当有用的。

现在我想加载现有的DICOM文件，用另一个像素数组(例如预处理或字面上的另一个DICOM像素数组)替换像素数据数组，最重要的是，我想用任何DICOM查看器应用程序再次读取它。

对于这个测试，我使用了下面的教程代码。此代码加载一个测试数据文件。图像大小为64*64。下面的代码对原始数据进行了次采样.然后，图像大小为8*8，并将结果保存到after.dcm中。

但是当我使用DICOM查看程序(我使用'Dicompass')读取文件时，DICOM图像的大小仍然是64*64。我错过了什么？

我参考了pydicom文档(started.html，https://pydicom.github.io/pydicom/stable/index.html)来解决我的问题。

# authors : Guillaume Lemaitre <g.lemaitre58@gmail.com>
# license : MIT

import pydicom
from pydicom.data import get_testdata_files

print(__doc__)

# FIXME: add a full-sized MR image in the testing data
filename = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)

# get the pixel information into a numpy array
data = ds.pixel_array
print(data)

print('The image has {} x {} voxels'.format(data.shape[0],
                                        data.shape[1]))
data_downsampling = data[::8, ::8]
print('The downsampled image has {} x {} voxels'.format(
    data_downsampling.shape[0], data_downsampling.shape[1]))

# copy the data back to the original data set
ds.PixelData = data_downsampling.tostring()
# update the information regarding the shape of the data array
ds.Rows, ds.Columns = data_downsampling.shape

# print the image information given in the dataset
print('The information of the data set after downsampling: \n')
print(ds)
print(ds.pixel_array)
print(len(ds.PixelData))
ds.save_as("after.dcm")

Answer 1

密码看上去没问题。但是，您没有覆盖原始文件。

加载该文件时：

filename = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)

其中原始文件名为"MR_small.dcm“。

然后用以下方式保存该文件：

ds.save_as("after.dcm")

目标文件名不同的地方。这意味着原始文件仍然保持不变。

您应该在DICOM查看器中加载"after.dcm“以进行测试。

或

您应该在保存文件时覆盖该文件(pydicom.filewriter.dcmwrite)。

这并不是问题的一部分，但是如果您正在创建原始图像的副本，并更改像素数据，则建议您也修改数据集中的实例特定信息，如InstanceNumber (0020,0013)、SOPInstanceUID (0008,0018)等。