在一次更新多个包时解决“无法删除预先安装的包”错误

Question

这是一个反复出现的问题。

• Error in install.packages : cannot remove prior installation of package ‘DBI’
• Warning in install.packages : cannot remove prior installation of package ‘data.table’
• Unable to install package forecast in R
• Install error of package plyr
• Unable to install package zoo

我已经多次遇到过这个问题。最烦人的是当它发生在一堆包中时；例如，我做了一些类似的事情

update.packages(ask = FALSE)

得到一些这样的错误。但是，这个错误是误导的，因为R倾向于实际上删除了旧的包版本的--但是没有安装新的版本。一旦发生这种情况，您就无法用update.packages修复它；您必须从头开始重新安装它。

这个问题最令人沮丧的方面是，它经常发生在安装依赖项时，例如，我可能成功地更新dplyr，但在此过程中Rcpp被删除。现在我无法加载dplyr，因为Rcpp丢失了，所以我需要重新安装Rcpp。

我当前的解决方法(当卸载包的数量很大时)是关闭所有的R会话，使用基本的RTVS打开一个新的会话(即不是RStudio或RTVS)，然后执行以下操作

lapply(dir(.libPaths()), install.packages)

恢复了我的整个图书馆。这太过分了。

是否有更好的方法来检查.libPaths() 中哪些文件夹实际包含包，以便我只重新安装丢失的包？

或者：是否有更好的方法来检查丢失的包是否有缺陷？

Answer 1

一种策略是做

setdiff(dir(.libPaths()), .packages(all = TRUE))

以获取库中似乎不实际包含包的目录列表。现在，我要重新安装的软件包列表要小得多。

我不知道这是不是万无一失，但它比重新安装我的整个库好。