Biopython: SeqIO.parse() FileNotFoundError

Question

我是生物信息学和Biopython的新手，所以我对它有一些困难。

我正在阅读Biopython (SeqIO)文档，但是当我尝试执行一些SeqIO.parse()命令时，我得到了FileNotFoundError。

例如，我想要得到"example.fasta“文件(我没有它在我的电脑上)。我试着用这个命令来做：

for record in SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"):
    print(record.id)

但是，我得到的只有FileNotFoundError: Errno 2没有这样的文件或目录

有人能帮我吗？

Answer 1

我的理解是，当代码试图在您的计算机上打开一个文件而没有找到它时，就会发生FileNotFoundError。

这可能是因为您没有这个文件，或者您给出了带有错误的名称，或者文件的路径不正确(这是一个重要的概念 )。

正如对您的问题的评论中所建议的那样，您似乎期待SeqIO.parse为您获取该文件。事实并非如此。给这个函数提供的第一个参数(在示例“example.fasta”中)是指向要“解析”的现有文件的路径，即解释其信息内容，并以方便的形式将该内容提供给程序的其余部分。

因此，为了使这个示例正常工作，您首先需要获得一个fasta文件。如果您还没有，您可以从genbank手动下载一些，或者在biopython安装中找到一个(如果您从源代码中安装了它，并且知道源代码在哪里)，例如在Tests/Quality/example.fasta中。