来自java的Linux Shell命令

Question

我正在尝试从Java运行一个Linux命令。该命令在命令行本身运行得很好，但在Java中却不是。命令行中的命令是

curl -H "Content-Type: text/plain" -d "$(printf '#Genes\nPIK3C2A\nPTEN\nUNC5B')" -X POST --url https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/projection/

来自Java的命令是

 String $notifyMsg="\"$(printf '#Genes\nPIK3C2A\nPTEN\nUNC5B')\"";
 String $reactome = "https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/projection/";
 String $notifyTitle= "\"Content-Type: text/plain\"";
 String $command = "curl" + " " + "-H"+ " " +  $notifyTitle + " "+ "-d " + $notifyMsg +" "+ "-X" + " " + "POST" + " " +  " " + "--url" +" " + $reactome;
 System.out.println("Command is: " + $command);

      Process p=Runtime.getRuntime().exec($command);
      p.waitFor();
      System.out.println("Run Result " + p.exitValue() )

我被认为能得到这样的输出

{"summary":{"token":"MjAxODAxMjMxNjQyMDZfNjcy","projection":true,"interactors":false,"type":"OVERREPRESENTATION","sampleName":"Genes","text":true},"expression":{"columnNames":[]},"identifiersNotFound":0,"pathwaysFound":51,"pathways":

但我得到的是0。有人能告诉我怎么回事吗？

Answer 1

引用和逃避是你的敌人。最好的办法就是完全避开他们。使用一个方法启动该进程，该方法允许您将单个参数作为单独的字符串传递，而不必将它们分开。

Process p = new ProcessBuilder(
    "curl",
    "-H", "Content-Type: text/plain",
    "-d", "#Genes\nPIK3C2A\nPTEN\nUNC5B",
    "-X", "POST",
    "--url", "https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/projection/"
).start();

您的代码调用exitValue()，这将为您提供流程的退出代码。若要读取其输出，请从其输入流读取。

InputStream s = p.getInputStream();

Answer 2

p.exitValue()将为您提供流程的退出代码。它返回0，因为curl使用退出代码0成功。

我会考虑查看图书馆，以便在Java中本机执行这些操作。

Answer 3

这就是对我有用的东西：

String notifyMsg = "#Genes\nPIK3C2A\nPTEN\nUNC5B";
String reactome = "https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/projection/";
String notifyTitle = "Content-Type: text/plain";

Process p = new ProcessBuilder("curl", "-H", notifyTitle, "-d", notifyMsg, "-X", "POST", "--url", reactome).start();
p.waitFor();
try (Scanner scanner = new Scanner(new InputStreamReader(p.getInputStream()))) {
    while (scanner.hasNextLine()) {
        System.out.println(scanner.nextLine());
    }
}
System.out.println("Run Result " + p.exitValue());

1. 不要手动连接命令行，请使用ProcessBuilder的vararg构造函数
2. 在您的Content-Type指令和-d中有额外的双引号
3. $(printf是shell解释的东西，但Java没有解释。只需使用Java文本中的\n来获得新行即可。

我还添加了一些代码来读取输出。