书信团体游戏-豪厄尔邮政在R

Question

我使用R的library agricolae中包含的library agricolae：

数据(甘薯)这个数据集包含两个变量:产量(连续变量)和病毒(因子变量)。

由于Levene检验是显着的，我不能假设方差的同质性，我将Welch检验应用于R，而不是单向的ANOVA，然后是Tukey。

然而，这些问题来自于我申请后测时的问题。在Tukey测试中，我使用library(agricolae)并显示病毒组之间的上标字母。因此，没有问题。

然而，为了执行游戏-豪厄尔死后，我使用library(userfriendlyscience)和我获得游戏豪威尔输出，但我不可能获得一个字母上标比较病毒组，因为它是通过library(agricolae)获得的。

所用的代码如下：

图书馆(方便用户科学) 数据(甘薯) 单程<-单向(甘薯$病毒，y=sweetpotato$yield，posthoc = 'games-howell') 单程

我尝试使用cld()导入以前的library(multcompView)，但不起作用。

有人能帮我吗？

提前谢谢。

Answer 1

目前userfriendlyscience中不存在此功能。通过查看带有临时测试结果的dataframe的行名，您可以看到哪一个意思不同，以及哪个p值。我不确定哪个包包含sweetpotato数据集，但使用R附带的ChickWeight数据集(并在oneway手册页面中使用)：

oneway(y=ChickWeight$weight, x=ChickWeight$Diet, posthoc='games-howell');

产量：

### (First bit removed as it's not relevant.)

### Post hoc test: games-howell

     diff  ci.lo ci.hi    t     df     p
2-1 19.97   0.36 39.58 2.64 201.38  .044
3-1 40.30  17.54 63.07 4.59 175.92 <.001
4-1 32.62  13.45 51.78 4.41 203.16 <.001
3-2 20.33  -6.20 46.87 1.98 229.94  .197
4-2 12.65 -10.91 36.20 1.39 235.88  .507
4-3 -7.69 -33.90 18.52 0.76 226.16  .873

前三行比较组2、3和4到1:使用alpha = .05，1和2有相同的方法，但3和4更高。这允许您计算multCompLetters在multcompView中所需的逻辑向量。基于?multcompView手册页中的示例

### Run oneway anova and store result in object 'res'
res <- oneway(y=ChickWeight$weight, x=ChickWeight$Diet, posthoc='games-howell');

### Extract dataframe with post hoc test results,
### and overwrite object 'res'
res <- res$intermediate$posthoc;

### Extract p-values and comparison 'names'
pValues <- res$p;

### Create logical vector, assuming alpha of .05
dif3 <- pValues > .05;

### Assign names (row names of post hoc test dataframe)
names(dif3) <- row.names(res);

### convert this vector to the letters to compare
### the group means (see `?multcompView` for the
### references for the algorithm):
multcompLetters(dif3);

这将产生最终结果：

    2     3     4     1 
  "a"   "b"   "c" "abc"

这就是你需要的，对吧？

我在userfriendlyscience中添加了这个功能，但是这个新版本还需要一段时间才能在CRAN上运行。同时，如果您愿意，可以在https://github.com/Matherion/userfriendlyscience/blob/master/R/oneway.R上获得此更新的源代码(按“raw”按钮即可获得源代码的轻松下载版本)。

注意，如果需要此更新版本，则需要将参数posthocLetters设置为TRUE，因为默认情况下它是FALSE。例如：

oneway(y=ChickWeight$weight,
       x=ChickWeight$Diet,
       posthoc='games-howell',
       posthocLetters=TRUE);

Answer 2

不是应该是dif3 <- pValues < .05，而不是dif3 <- pValues > .05吗？

这样，如果分布是“相同的”，字母是相同的(这是，没有证据表明它们是不同的)。

如果我理解错了，请纠正我。