ComplexHeatmap注释似乎缺少数据。

Question

以下玩具数据集似乎说明了这个问题：

set.seed(0)
mm = matrix(data = rnorm(1000 * 8), nrow = 8)
rownames(mm) = letters[1:8]
annodf = data.frame(var1=rbinom(1000, 1, .01))

library(ComplexHeatmap)
ha = HeatmapAnnotation(df=annodf, col=list("var1"=c("0"="white","1"="red")))
ht = Heatmap(mm, show_column_dend = F, 
        show_column_names = F, bottom_annotation = ha)
draw(ht)

这是我在计算机上看到的图像(我使用的是Rstudio)：

我可以在注释中识别出9行不同的行，尽管其中一行比较厚，并且可能由多行组成。

我还可以将注释单独绘制为一个barplot，以查看我认为它应该如何使用

barplot(annodf$var1[column_order(ht)])

这给了我：

​

这看起来像11行，其中一行可能由两行组成。我们可以查看数据：

> sum(annodf$var1)
[1] 12
> which(annodf$var1[column_order(ht)]==1)
 [1] 112 126 128 250 430 477 561 568 643 673 893 934

以确认酒保计划是正确的。

为什么注释似乎缺少数据？

更新：

在较小的数据集中，我似乎没有看到这种差异。为了说明这一点，并确认编写注释中的桶形图的方法是正确的，我这样做是为了一个5x5图：

set.seed(0)
mm2 = matrix(data = rnorm(5 * 5), nrow = 5)
rownames(mm2) = letters[1:5]
colnames(mm2) = LETTERS[1:5]
annodf2 = data.frame(var1=rbinom(5, 1, .45))
ha2 = HeatmapAnnotation(df=annodf2, col=list("var1"=c("0"="white","1"="red")))
ht2 = Heatmap(mm2, show_column_dend = F, 
             show_column_names = F, bottom_annotation = ha2)
draw(ht2)
barplot(annodf2$var1[column_order(ht2)])

heatmap注释：

，以及酒保：

​

这些匹配，因为第二列和第五列都有var1=1，那么为什么注释和标题栏不匹配更大的图呢？

交叉：https://github.com/jokergoo/ComplexHeatmap/issues/142

Answer 1

问题是注释不是这样绘制直线，而是填充矩形，并且对于1000列，绘图例程不能一致地绘制填充的矩形(没有足够的分辨率来这样做)。从更新到问题，使用只有少量列的热图可以清楚地看到，绘制的“线”是填充的矩形。

考虑到这是一个直线问题而不是填充矩形问题，我研究了在HeatmapAnnotation函数中使用gp (图形参数)参数来查看是否可以增加线宽，在这样做的过程中，很明显，绘制的不是直线。例如，下面是使用gpar选项将线宽提高到一个大值的输出：

ha = HeatmapAnnotation(df=annodf, gp = gpar(col = annodf$var1[column_order(ht)], 
                                            lwd = unit(20, "native")))

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带有圆形末端的黑线由绘制热图函数本身导出的填充覆盖。此外，在HeatmapAnnotation中不允许使用gpar填充参数：

Error in SingleAnnotation(name = anno_name[i], value = df[, i], na_col = na_col,  : 
  You should not set `fill`. 

最后，您可能会看到，在研究这个问题时，我已经将gpar颜色参数设置为annodf$var1column_order(ht)，它只在填充热图至少一次之后才能工作。当尝试使用gpar设置线宽时，注释的颜色将被覆盖，注释不超过一行，每列1行：

ha = HeatmapAnnotation(df=annodf, gp = gpar(lwd = unit(1, "native")))

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因此，正在绘制的不是线条，而是填充的矩形，当数据集中有太多列时，就会出现一个分辨率问题，它会阻止某些带注释的填充依赖于正在查看注释的缩放而可见。在查看热图输出的PDF时也是如此。作为矢量格式，缩放级别会影响大比例尺绘制的内容，并显示在较低缩放级别上不显示的细节。所有12“行”(实际上是充满长方形的)都存在于此：

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Answer 2

X轴注释有超过9行。只是在较小的窗户里看不见它们，因为它们太近了。如果你缩放观众窗口足够远，你会看到他们在那里。更好的是，输出你的情节到PDF (这样它就不会失去细节)，并检查pdf版本。

pdf("heatmap.pdf")
draw(ht)
dev.off()

使用默认的高度和宽度，如果缩放到150%，您将看到以下细节：

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虽然你看到的和你的标题图不一样，但我不能验证你所用的方法会给出和热图相同的结果。注释上有12条不同的行，但是没有能够在您的热图上看到x轴比例，我就无法猜测为什么barplot与热图不匹配。