如何使用"mnc2nii“在bash中递归地将MINC文件转换为Nifti格式？

Question

我需要将具有MINC格式(.mnc)的图像文件转换为NIfTI-1格式(.nii)。我想使用Ubuntu中minc-tools的命令"mnc2nii“。

"mnc2nii“需要输入(filename.mnc)和输出(filename.nii)。

我有多个文件夹和子文件夹，其中包含MINC文件。

我试图找到一种方法来递归地将所有.mnc文件转换为.nii，以便它们保持名称和文件夹结构。

示例：

文件abc在/文件夹/abc.mnc转换为/文件夹/abc.nii

和

文件xyz中的/文件夹/子文件夹/xyz.mnc转换为/文件夹/子文件夹/xyz.nii。

谢谢

Answer 1

没有测试，因为在英国已经很晚了，所以对一小部分图片进行备份和测试。

首先安装GNU并行，然后在终端运行：

find /path/to/mnc/files -type f -name \*.mnc -print0 |
   parallel --dry-run -0 mnc2nii {} {.}.nii

如果您喜欢这个外观，请在不使用--dry-run的情况下再次运行它。

作为GNU并行，它将非常快地并行地执行它们:-)