如何在r中将字符串变量传递给多个比较中的多个函数：：glht

Question

我在做一个单向的阿诺瓦和后特设的多重比较。以mtcars数据集为例：

mtcars$cyl <- as.factor(mtcars$cyl)
aov<- aov(mpg~cyl, data=mtcars)
summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp(cyl='Dunnet')))

但是，我不想将变量硬编码为cyl。因此，我创建了一个变量var='cyl'：

var <- 'cyl'
aov <- aov(as.formula(paste('mpg~', var)), data=mtcars)
summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp( var='Dunnet')))

我收到了错误消息：

Error in mcp2matrix(model, linfct = linfct) : Variable(s) ‘var’ have been specified in ‘linfct’ but cannot be found in ‘model’!

我认为问题来自于在mcp函数中传递var。我怎么才能解决这个问题？我试过: as.name(var)，eval(引用(Var)).但没有运气..。非常感谢你的帮助。

Answer 1

我们可以使用do.call方法

aov1 <- do.call("aov", list(formula = as.formula(paste('mpg~', var)), data = quote(mtcars)))
out2 <- summary(multcomp::glht(aov1, linfct = do.call(mcp, setNames(list("Dunnet"), var))))

检查OP文章中的输出

out1 <- summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp(cyl='Dunnet')))
all.equal(aov, aov1)
#[1] TRUE

all.equal(out1, out2)
#[1] TRUE

以上内容可以封装在一个函数中。

f1 <- function(dat, Var){
      form1 <- formula(paste('mpg~', Var))
      model <- aov(form1, data = dat)
      model$call$formula <- eval(form1)
      model$call$data <- substitute(dat)
      summary(multcomp::glht(model, linfct = do.call(mcp, setNames(list("Dunnet"), Var))))

   }

f1(mtcars, var)