在Fedora 27中在R中安装xml2

Question

我在RStudio中安装RStudio时遇到了问题，运行Fedora 27。在运行install.packages('xml2')时，我得到以下错误：

installing to /home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
Error : /tmp/Rtmp2sKZQZ/R.INSTALL689b37bd918d/xml2/man/read_xml.Rd:47: unable to load shared object '/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs/xml2.so':
  libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR: installing Rd objects failed for package ‘xml2’
* removing ‘/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpPs5Gzi/downloaded_packages’

我注意到在我的/usr/lib64/中，我只有libicui18n.so.57，所以我尝试在那里复制一个libicui18n.so.58，得到了以下错误：

installing to /home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
Error : /tmp/Rtmp908Ecf/R.INSTALL653812e0e41f/xml2/man/read_xml.Rd:47: unable to load shared object '/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs/xml2.so':
  libicuuc.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR: installing Rd objects failed for package ‘xml2’
* removing ‘/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpPs5Gzi/downloaded_packages’

我注意到了同样的问题--我有版本.57，而不是这个库的.58版本。在我反复重复之前，这实际上是一个共享库问题吗？或者，有没有办法一次解决这个问题？

我已经安装了xml2 (libxml2-devel-2.9.5-2.fc27.x86_64)。

Answer 1

因为还没有人回答这个问题，而且我找到了一个麻烦的解决方案，所以我想我应该给出一个最新的结果。

我的问题似乎是，即使在安装libxml2 2-devel时，我在/usr/lib64中拥有的库的版本也不是xml2包所要求的版本。例如，关于我在上面的问题libicuuc.so.58中提到的特定包，只有libicuuc.so.57可以在/usr/lib64中找到。

运行locate libicuuc.so.58时，我发现anaconda3有正确的库版本，因此我暂时解决了上述问题，只需将~/anaconda3/lib添加到$LD_LIBRARY_PATH中，大致遵循这里的说明。

这有点麻烦，但是成功地安装了。

编辑(IMPORTANT)__：将~/anaconda3/lib添加到.bashrc中的LD_LIBRARY_PATH会导致登录循环，可能是因为Fedora试图使用错误的库。为了解决这个问题，我添加了几行代码：

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/ryi/anaconda3/lib/
export LD_LIBRARY_PATH

敬R_HOME/etc/ldpaths。

Answer 2

我通过按源代码安装ICU4C解决了这个问题：

1. 从: ICU4C 58.2下载ICU-项目
2. 编译好的
3. 将库位置添加到$LD_LIBRARY_PATH中，

安装将正常工作。