R中按群划分的彩色RDA向量

Question

我在R中绘制了一系列RDA，每个RDA都有10+环境向量。每个环境变量都属于5个类别之一。我想要向量颜色来反映这些类别。我在某种程度上以贫民区的方式制作了原始的黑白情节，然后用Powerpoint (超级耗时)对其进行跟踪，但这里面有很多固有的问题，但至少看起来不错。这是那个图，注意矢量颜色。

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我想要我的输出是一个R本地的情节。我用来制作基本地块的地块当前是：

#download the data#
env<- read.csv("environmenta data.csv")
bio<- read.csv("bio data.csv")

#break out the groups of environmental vectors#
#these are purley for example#
group1<-as.matrix(subset(env,select=c(a,b,c))
group2<-as.matrix(subset(env,select=c(d,e,f,h))
group3<-as.matrix(subset(env,select=c(g))
group4<-as.matrix(subset(env,select=c(j,k,l,o))
group5<-as.matrix(subset(env,select=c(m,n,))

#run the RDA#
rda1<-rda(bio,env)

#Plot it#
plot(rda1,type="n",bty="n",main="",
     xlab="XX% variance explained",
     ylab="XX% variance explained",
     col.main="black",col.lab="black", col.axis="white",
     xaxt="n",yaxt="n")
#points(rda1,display="species",col="gray",pch=20)
#option to display species points
#text(rda2,display="species",col="gray") 
#option for species labels

points(rda1,display="cn",col="black",lwd=2)#<<< guessing this is the key statement for my issue, but not sure
text(rda1,display="cn",col="black",cex=0.5)

我假设答案就在这一点上-->col=“.”命令，但我不知道如何按组告诉它子集。任何和所有的帮助都将不胜感激。

Answer 1

library(vegan)

#DATA
data(varespec)
data(varechem)
env = varechem
bio = varespec
rm(list = c("varechem", "varespec"))

#Assign colors based on groups for the columns of env
groups = rep(c("red", "blue"), length.out = NCOL(env))

rda1 = rda(X = bio, Y = env)
plot(rda1, type = "n")
points(rda1)
text(rda1, display = "bp", col = groups)

Answer 2

这里有几个问题：

1. 绘制双情节分数，和
2. 按plot.cca缩放双图分数

后者并不那么重要，如果你只是绘制双情节分数，但这种绘图的一般解决方案需要，我们认为，其他分数也可能需要绘制。

下面是一个可复制的示例，它使用内置于

library('vegan')
data(varespec, varechem)

现在我们放了一个愚蠢的排序(别在家里这么做，伙计们)

ord <- rda(varespec ~ ., data = varechem)

接下来，提取双情节分数。

bp <- scores(ord, display = 'bp')

并假设我们有一个变量，其中包含我们希望将每个双情节分数分配给的组。

f <- factor(sample(1:5, nrow(bp), replace = TRUE))

以及我们想要使用的颜色的相关向量

cols <- c('red','black','green','navy','purple')

并将此颜色矢量展开为长度为nrow(bp)的向量，即每双图分数/变量一种颜色。

cols <- cols[f]

接下来开始绘制，准备一个空的绘图区域，我们可以在其中添加箭头。

plot(ord, type = 'n')

在上面的例子中，我们离开设置的地块区域，以适应物种和地点/样本的分数。

我们现在计算一个乘法器，它允许双图分数占据绘图区域的指定比例(fill = 0.75)。

mul <- ordiArrowMul(bp, fill = 0.75)

最后，添加按组着色的双图箭头。

arrows(0, 0, mul * bp[,1], mul * bp[,2],
       length = 0.05, col = cols)

并将标签添加到双图箭头中。

labs <- rownames(bp)
text(ordiArrowTextXY(mul * bp, labs), labs, col = cols)

这会产生

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