KeyError脚本中用于生成Bash脚本的

Question

我有一个名为renaming.py的Python脚本，我想使用它来生成许多Bash脚本(超过500个)。Python脚本如下所示：

#!/usr/bin/python

#Script to make multiple Bash scripts based on a .txt file with names of files
#The .txt file contains names of files, one name per line
#The .txt file must be passed as an argument.

import os
import sys

script_tpl="""#!/bin/bash
#BSUB -J "renaming_{line}"
#BSUB -e /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.err
#BSUB -o /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.out
#BSUB -n 8
#BSUB -R "span[ptile=4]"
#BSUB -q normal
#BSUB -P DBCDOBZAK
#BSUB -W 168:00

cd /scratch/username/renaming_SNPs

awk '{sub(/.*/,$1 "_" $3,$2)} 1' {file}.gen > {file}.renamed.gen

"""

with open(sys.argv[1],'r') as f:
    for line in f:
        line = line.strip()
        if not line:
            continue
        line = line.strip(".gen")
        script = script_tpl.format(line=line)
        with open('renaming_{}.sh'.format(line), 'w') as output:
            output.write(script)

作为参数传递给这个Python脚本的.txt文件如下所示：

chr10.10.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.11.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.12.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.13.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.14.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.15.merged.no_unwanted.formatted.gen
etc

运行Python脚本时，会收到以下错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "renaming.py", line 33, in <module>
    script = script_tpl.format(line=line)
KeyError: 'sub(/'

我不完全确定发生了什么，但我认为

• 第33行出了问题--不知道问题出在哪里。我以前也使用过类似的脚本。在这第33行中，我将script_tpl中的所有{ line }实例替换为.txt文件中的条目(对于.txt文件的每一行都会发生500次)。
• 我被KeyError弄糊涂了。我正在Linux服务器上工作(使用Mac笔记本电脑)。我已经成功地使用了这个awk命令，在将它直接输入到终端时没有问题(作为一个Bash命令)。然而，当我试图将Python作为一个变量在脚本中“打印”时，Python可能会感到困惑。

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

使用.format时，字符串中的所有{ }都将调用字符串格式。因为您在awk命令中使用了这些字符，所以必须将它们转义。要做到这一点，您需要加倍{{和}}。

script_tpl="""#!/bin/bash
#BSUB -J "renaming_{line}"
#BSUB -e /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.err
#BSUB -o /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.out
#BSUB -n 8
#BSUB -R "span[ptile=4]"
#BSUB -q normal
#BSUB -P DBCDOBZAK
#BSUB -W 168:00

cd /scratch/username/renaming_SNPs

awk '{{sub(/.*/,$1 "_" $3,$2)}} 1' {line}.gen > {line}.renamed.gen

"""

这是相关文档。

Answer 2

当您调用str.format时，它将尝试格式化{}中的所有内容。

所以这条线就是问题所在：

awk '{sub(/.*/,$1 "_" $3,$2)} 1' {file}.gen > {file}.renamed.gen

因为字符串格式化程序试图在格式调用中找到kwargs sub(/和file，这是不存在的，因为您指定的唯一键是line=line。

如果您不希望将它们考虑为格式设置，则需要转义大括号。(格式调用应该删除最后字符串中的一个对。)

awk '{{sub(/.*/,$1 "_" $3,$2)}} 1' {{file}}.gen > {{file}}.renamed.gen