在csv中写入结果配对t.test

Question

我正在对多个组的数据执行配对t检验，并希望将其“导出”到.csv文件中。

以下是数据：

 table <- read.table(text=' group    M1      M2
 Group 1 0.5592884 0.5592884
 Group 1 0.3481799 0.3481799
 Group 1 0.2113786 0.2113786
 Group 1 0.2817871 0.2817871
 Group 2 0.2543952 0.2543952
 Group 2 0.2016288 0.2016288
 Group 2 0.2098503 0.2098503
 Group 2 0.1060097 0.1060097
 Group 3 0.2405704 0.2405704
 Group 3 0.3200119 0.3200119
 Group 3 0.2453895 0.2453895
 Group 3 1.3107510 1.3107510
 Group 4 0.8600338 0.8600338
 Group 4 0.5381423 0.5381423
 Group 4 0.7348685 0.7348685
 Group 4 0.2969512 0.2969512', header=TRUE)

由于我不想将M1与M2进行比较，而是将这些组相互比较，所以我执行成对的t.test如下：

sig<-lapply(table[2:3], function(x) 
  pairwise.t.test(x, table$group,
                  p.adjust.method = "BH"))

但是，由于结果是一个列表，所以我无法在.csv文件中写入以下内容：

sink('test.csv')
cat('paired t results')
write.csv(sig)
sink()

我试图通过使用capture.output来解决这个问题，但是这就失去了分离。

sig_output<-capture.output(print(sig))

有没有一种直接将sig写入csv文件或工作源的方法？

谢谢!

Answer 1

只需在print之后使用sink

print(sig)

但是请注意，结果不是CSV文件，与您的代码相反。如果只想保存p值表，可以执行以下操作：

save_p_values = function (test_data, filename) {
    write.csv(test_data$p.value, filename)
}

Map(save_p_values, sig, paste0(names(sig), '.csv'))

要在同一个文件中获取两个表，您需要添加一个列来区分它们；使用：

sig_combined = sig %>%
    # Extract p-value tables
    map(`[[`, 'p.value') %>%
    # Convert matrix to data.frame so we can work with dplyr
    map(as.data.frame) %>%
    # Preserve rownames by saving them into column:
    map(tibble::rownames_to_column, 'Contrast') %>%
    # Add name of column that t-test was performed on
    map2(names(.), ~ mutate(.x, Col = .y)) %>%
    # Merge into one table
    bind_rows()

write.csv(sig_combined, 'results.csv')