有叠加选项和分组选项的Barplot，没有面板网格

Question

我试图使用以下数据集建立一个堆叠和分组的桶形图：

dfplot  <- data.frame(organisms=c("M.musculus","D.melanogaster" ,"H.sapiens","O.sativa","S.pombe","C.familiaris",
           "G.gallus","P.falciparum","A.thaliana","C.elegans","D.rerio","B.taurus","S.cerevisiae","R.norvegicus","C.intestinalis","B.subtilis","E.coli"),                  
                      KEGGv2=c(20,7,21,126,106,62,26,80,5,5,13,306,8,35,32,104,107), 
                      KEGGv1=c(286,124,289,0,0,244,135,0,121,124,148,0,101,271,87,0,0),
                      Reactome=c(358,146,596,115,54,306,370,23,155,112,365,341,52,364,0,0,0))

# Melt the dataframe
melted <- melt(dfplot, "organisms")

# Reformat the data labels
melted$cat <- ''
melted[melted$variable == 'Reactome',]$cat <- "Reactome"
melted[melted$variable != 'Reactome',]$cat <- "KEGG"


ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
  geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
  facet_grid(~ organisms)+ 
  scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
  labs(y = "Number of Pathways") +
  theme(axis.title.x=element_blank(),
        axis.text.x=element_blank(),
        axis.ticks.x=element_blank(),
        legend.title=element_blank(),
        strip.text.x = element_blank(),
        strip.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"))

我的输出如下：

​

​

我在每个有机体中使用一个facet_grid，因为我希望在stack ( KEGGv1和KEGGv2)之间混合，然后与其他组Reactome进行分组。然而，在进行熔融时，x轴每个facet_grid将有两个标签(KEGG和Reactome，这是从熔融猫获得的变量)。我不想要那个标签所以我把它们去掉了。

我要做的是让每个组都有一个有机体的名字，这样17个分组栏中的每一个都会有相应的有机体的名称**。因此，我错过了，我尝试过几种方法，但我找不到合适的方法。

提前谢谢你，

Answer 1

你可以做两件事来完成这个任务：

1. 旋转小面的标签，使其在90度处绘制。
2. 使用switch = 'x'参数在facet_grid中绘制图形下面的facet标签。

以下是完整的示例：

  ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
    geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
    facet_grid(~organisms, switch = 'x')+ 
    scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
    labs(y = "Number of Pathways") +
    theme(axis.title.x=element_blank(),
          axis.text.x=element_blank(),
          axis.ticks.x=element_blank(),
          legend.title=element_blank(),
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          axis.line.y = element_line(colour = "black"),
          strip.text = element_text(angle = 90))

​

​

我留下了默认的阴影背景，但您可以轻松地样式，您喜欢。

阿普罗二

你可能想考虑旋转这个情节。这要求您在调用facet之前使用coord_flip 翻转绘图的坐标。当我们转向另一个方向时，我们将facet参数更改为facet_grid(organisms~.)。引用x或y的所有其他参数都被替换：

  ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
    geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
    coord_flip() +
    facet_grid(organisms~., switch = 'y')  +
    scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
    labs(y = "Number of Pathways") +
    theme(axis.title.y=element_blank(),
          axis.text.y=element_blank(),
          axis.ticks.y=element_blank(),
          legend.title=element_blank(),
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          axis.line.x = element_line(colour = "black"),
          strip.text.y = element_text(angle = 180))

​

​

Answer 2

首先，你可以把生物标签设置在条子下面，而不是上面。这是通过将参数的facet_grid函数设置为"x“来建立的(参见下面的代码)。其次，您应该在主题函数调用中删除axis.title.x=element_blank()参数。更新后的代码如下。希望这能有所帮助！

ggplot(melted, aes(x = cat, y = value, fill =variable)) + 
    geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +facet_grid(~organisms, switch="x")+ 
    scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4","lightblue1","olivedrab2"))+
    ylab("Number of pathways")+
    theme(axis.title.x=element_blank(),axis.text.x=element_blank(),axis.ticks.x=element_blank())+theme(legend.title=element_blank())+
    theme(strip.background = element_blank())+theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),panel.background = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))