端口networkx图到不带pygraphviz的图

Question

我使用Python 3在windows机器上工作，尽管做了很多努力，但没有安装pygraphviz。单独讨论。

我有networkx和graphviz模块.是否有一种在networkx中构建网络图并提取为不使用pygraphviz?的图形显示格式的范例？

drawing.nx_agraph和nx_agraph中的所有相关功能似乎都需要pygraphviz，但我已经习惯了使用networkx并喜欢其中的功能。在networkx的文档中，它甚至表示他们关注的是图形对象的开发，而不是实际的显示。

Answer 1

您可以使用pydot (https://pypi.python.org/pypi/pydot)作为PyGraphviz的纯Python替代品。

In [1]: import networkx

In [2]: import sys

In [3]: G = networkx.path_graph(4)

In [4]: networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(G,sys.stdout)
strict graph  {
0;
1;
2;
3;
0 -- 1;
1 -- 2;
2 -- 3;
}

Answer 2

我知道这是个老生常谈的问题，但我也在寻找同样的问题:如何从NetworkX中的图形中获取点符号

(如果你只对答案感兴趣，跳过这段。我实际上想要显示一个NetworkX多图，但是即使NetworkX是处理网络和图形的强大的python库，它在显示(呈现)图形和网络时也有相当有限的选择。NetworkX使用Matplotlib提供可视化图形的基本功能，而可视化多图没有选项。NetworkX不是用来可视化图形的，所以在NetworkX文档中，他们建议使用一些图形可视化工具，细胞角、伤寒、墨维兹。所有这些工具都有某种python接口，但最好的(最简单和最简单的使用)是图文，它支持图形绘图软件的DOT语言。在图文中可视化图形是非常简单和方便的，您可以使用一个简短的行，比如graph.view()，它默认创建一个PDF文件并在系统的默认PDF查看器中打开它，但是您也可以查看和创建图像文件，比如SVG和PNG。因此，理想的做法是将NetworkX图转换为图and图，并将NetworkX图转换为DOT符号，然后由图文读取。)

Aric的解决方案很简单，可以打印出图的DOT表示法，但这是一种黑客，而且在我的例子中，我需要将DOT符号保存在字符串变量中，这样我就可以使用它在图文中从那个DOT符号中创建一个图形。

networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(来源)是一个创建DOT格式并将其保存到路径(文件句柄)的函数。这一职能的代码是：

@open_file(1, mode='w')
def write_dot(G, path):
    P = to_pydot(G)
    path.write(P.to_string())
    return

这给了我们答案：

from networkx import path_graph
from networkx.drawing.nx_pydot import to_pydot

G = path_graph(4)
dot = to_pydot(G).to_string()
print(dot)

函数to_pydot (来源)使用皮多特库创建具有to_string (来源)方法的pydot.Dot对象，该方法以DOT语言返回图形的字符串表示。

P.S.：要使用呈现DOT源代码 in 图文，您可以这样做：

from graphviz import Source
src = Source(dot) # dot is string containing DOT notation of graph
src.view()

P.P.S.：使用Matplotlib (图像的左侧)和图文 (图像的右侧)可视化图形networkx.margulis_gabber_galil_graph(3)时，以下两幅图片显示不同的效果

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