从python中的各个tiff创建tiff堆栈

Question

我正在根据下面的示例创建不同大小的tiff堆栈：http://www.bioimgtutorials.com/2016/08/03/creating-a-z-stack-in-python/

可以在这里下载tif文件的示例：核

我有一个文件夹，里面有5个tiff文件。我希望将它们堆叠起来，以便能够在imageJ中打开它们，使它们看起来像这样：

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这适用于以下代码：

from skimage import io
import numpy as np
import os

dir = 'C:/Users/Mich/Desktop/tiff stack/'

listfiles =[]


for img_files in os.listdir(dir):
    if img_files.endswith(".tif") :
        listfiles.append(img_files)



first_image = io.imread(dir+listfiles[0])

io.imshow(first_image)

first_image.shape

stack = np.zeros((5,first_image.shape[0],first_image.shape[1]),np.uint8)



for n in range(0,5):
    stack[n,:,:]= io.imread(dir+listfiles[n])

path_results = 'C:/Users/Mich/Desktop/'
io.imsave(path_results+'Stack.tif' ,stack)

当我只想堆叠4个前一个或3个前一个时，问题就出现了。

具有4个tiff图像的示例：

   stack=np.zeros((4,first_image.shape[0],first_image.shape[1]),np.uint8)

   for n in range(0,4):
       stack[n,:,:]= io.imread(dir+listfiles[n])

然后我得到了这样的结果：

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在尝试堆叠文件夹的第三张图片时，它们会被组合起来！

   stack=np.zeros((3,first_image.shape[0],first_image.shape[1]),np.uint8)

   for n in range(0,3):
       stack[n,:,:]= io.imread(dir+listfiles[n])

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我在代码中哪里出错了，所以它只需要在一个大小为3、4或5的多维堆栈中添加单独的tiff？

Answer 1

指定图像数据(photometric='minisblack')的颜色空间，否则tifffile插件将从输入数组的形状猜测它。

这是一个更短的版本，直接使用tifffile：

import glob
import tifffile

with tifffile.TiffWriter('Stack.tif') as stack:
    for filename in glob.glob('nucleus/*.tif'):
        stack.save(
            tifffile.imread(filename), 
            photometric='minisblack', 
            contiguous=True
        )