Dockerfile中的多行Rscript

Question

我正试图用R构建一个码头形象，我希望能够打破我的软件包安装步骤，在一个干净，易于阅读，方式跨越多行，但bash似乎不喜欢的方法，因为不知道在哪里结束)。

是否有一种方法可以使这长行代码在多行之间分割？

Rscript -e 'devtools::install_cran(c("tidytext","janitor","corrr","officer","devtools","pacman"))'

也许，就像这样：

Rscript -e 'devtools::install_cran(c("tidytext","janitor",
                              "corrr","officer","devtools","pacman"))'

这和Rscript有关吗？我试着在每一行的末尾使用一个\，但它仍然不起作用。

我理解install2.r可以逐行列出包，但如果可能的话，我希望有一个包向量传递给devtools::install_cran。我看到其他人只是通过Rscript调用他们的R脚本，但我希望看到我在Dockerfile中的所有安装步骤，而不是在我的容器中复制和运行外部R脚本。谢谢你的帮助。

Rscript test.R

Answer 1

BASH将将换行符解释为命令的结尾。

在BASH (我假设您正在使用)中，反斜杠后面跟着换行符被解释为行的延续。除非它是在单引号内！

所以..。

Rscript -e 'devtools::install_cran(c("tidytext","janitor",
                          "corrr","officer","devtools","pacman"))'

将被解释为两个命令..。

Rscript -e 'devtools::install_cran(c("tidytext","janitor",

和

"corrr","officer","devtools","pacman"))'

它们都没有形成良好的结构。

此外，BASH中的单引号字符串不会处理转义。他们只是假设你的文字是字面的。因此，不能在BASH中的单引号字符串中继续一行。

底线是，如果要在BASH中的引号字符串中继续，则必须使用双引号字符串。你的选择如下：

Rscript -e "devtools::install_cran(c('tidytext','janitor', \  
                'corrr','officer','devtools','pacman'))"

在BASH中使用双引号，在R或.中使用单引号

Rscript -e "devtools::install_cran(c(\"tidytext\",\"janitor\", \    
                \"corrr\",\"officer\",\"devtools\",\"pacman\"))"

在两种情况下使用双引号。

Answer 2

您可以查看相当多的参考Docker文件。下面是摇滚项目中的一部分，我们制作了官方的r-base图像：

RUN apt-get update \     
        && apt-get install -y --no-install-recommends \     
                ed \                                 
                less \   
                locales \     
                vim-tiny \   
                wget \  
                ca-certificates \
                fonts-texgyre \ 
        && rm -rf /var/lib/apt/lists/* 

这是针对apt包的，但是CRAN中的R包也是以同样的方式工作的:一行长，被反斜杠分开。为此，我们倾向于使用install.r或利特勒中的install2.r。所以你的代码会变成

install.r tidytext \
   janitor \
   corrr \
   officer \
   devtools \
   pacman 

一个被低估的方面是，您实际上可以从Debian或Ubuntu获得其中的一些二进制文件，但我把查找这些二进制文件的工作留给自己。