生成具有终止条件的随机RNA转录本

Question

我正在编写一个程序，生成随机的RNA转录本:所有4个RNA核苷酸的概率相等，每个序列以一个起始密码子开始，只有在引入一个停止密码子时才结束。

import random

def random_rna():
    rna = 'AUG'
    stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']
    while rna[-3:] not in stop_codon:
            rna += (random.choice('AUCG'))*3
    return rna

random_rna()

它不会生成序列，python也不会出现任何错误.

Answer 1

您的代码运行到无限循环中，因为(random.choice('AUCG'))*3不执行您认为它所做的事情.见：

In [2]: (random.choice('AUCG')) * 3
Out[2]: 'GGG'

它不是三次调用该函数，而是调用它一次，并对结果进行三倍化。因此，while条件永远不为真。

我建议把它附在一份清单上，然后在最后加入一次。它比你所做的所有字符串连接调用都便宜。

stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']

def random_rna():
    rna = ['AUG']
    while rna[-1] not in stop_codon:
            rna.append(''.join([random.choice('AUCG') for _ in range(3)]))

    return ''.join(rna)

print(random_rna())
'AUGAGCAGCGAGAGGGGCGCGCAGACGACGCCUGGCUCGUAUAGUUAUAGGACCUUCCGUGAACAUAACGCUACAGUCAGGUUGCAAAAUAAGCAGGUAACUAACUAUCUGCAGGCUCGAGUUGUCCUGCCGUAG'