hclust中的错误(d，方法=方法)：外部函数调用中的NA/NaN/Inf (arg 11)

Question

我对RStudio非常陌生，我拼命地想要抓住这一切，所以如果这是一个愚蠢的问题，我很抱歉。我正试图使用pheatmap为我的RNA Seq数据集生成一个热图，但是我再次出现了一些错误。我的数据如下：

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我正在尝试使用下面的代码，它是从另一个用户那里获取的。

热图编码

pheatmap(
  mat               = mydata,
  color             = inferno(10),
  border_color      = black,
  show_colnames     = FALSE,
  show_rownames     = FALSE,
  annotation_col    = mydata$sample_1,
  annotation_colors = mydata$value_1,
  drop_levels       = TRUE,
  fontsize          = 10,
  main              = "Default Heatmap")

当我将它输入系统时，我得到了以下错误:hclust中的错误(d，方法=方法)：外部函数调用中的NA/NaN/Inf (arg 11)此外:警告消息: 1:在dist(mat，方法=距离)：NAs被强制引入2: In dist(mat，方法=距离)：NAs由强制引入

我试图寻找答案，但很难将其与我的数据联系起来。我已经查看了我的dataframe，它似乎是对这类错误的响应，但是似乎没有任何明显的原因导致我的问题。下面我已经给了你我的数据，所以你可以看到我在说什么。如果我错过了什么，请告诉我。

'data.frame':   6436 obs. of  15 variables:  
$ test_id          : Factor w/ 1517 levels "ABCA6","ABCA8",..: 273 370 273    
$ sample_1       : Factor w/ 5 levels "BAMBI_kd","BAMBI_PPARg_kd",..: 1 2 5    
$ sample_2         : Factor w/ 5 levels "BAMBI_kd","BAMBI_PPARg_kd",..: 3 3     
$ status           : Factor w/ 1 level "OK": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...  
$ value_1          : num  0.0872 0.0894 0.098 0.099 0.099 ... 
$ value_2          : num  0.482 0.475 0.482 1.224 1.506 ...  
$ log2.fold_change.: num  2.47 2.41 2.3 3.63 3.93 ...  
$ test_stat       : num  2.37 1.86 2.32 3.45 3.74 ...  
$ p_value          : num  0.00045 0.0006 0.0006 0.00005

谢谢你，我期待着你的答复。

Answer 1

我不确定这在创建热图时是否适用，但是当我试图使用rcorr()和corrplot()创建可视化关联矩阵时，我遇到了这个错误。我没有NA、NaN或Inf，但意识到我的一个变量只有0(或所有相同的值)。通过从数据集中过滤这个变量来修正。