用广义伽马函数估计挠曲冲浪的生存失败

Question

我有病人的生存数据。其中一些被审查了。我想用R中的flexsruv包对经验数据拟合一个广义伽玛函数，而我想要拟合的所有其他函数(如指数、威布尔等)。工作正常，我得到了dist = "gengamma"的以下错误代码

Error in optim(method = "BFGS", par = c(5.02274354115438, -0.0670900421918298,  : 
  non-finite finite-difference value [2]

以下是我掌握的数据：

db.survival <- data.frame(time =  c(101, 111, 185, 707, 85, 58, 427, 672, 90,
                                1452, 608, 99, 556, 62, 60, 1445, 563, 246,
                                163, 276, 216, 64, 61, 66, 67, 68, 81, 83,
                                99, 100, 100, 100, 100, 100, 100, 100, 100),
                      status = c(1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
                                 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
                                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0))

我收到一个错误代码，用于：

library(flexsurv)
flexsurvreg(Surv(time, status) ~ 1, data = db.survival, dist="gengamma")

然而，当我选择"CG"或"SANN"方法时，我会得到结果(但它们不同)。

我的问题是:为什么我一开始就有一个错误？我编码错误吗？

谢谢您的任何帮助！

Answer 1

我不认为你的代码有什么问题。错误来自flexsurvreg使用的flexsurvreg。默认情况下，optim使用help("optim")中所述梯度的有限差分近似。

gr函数，用于返回"BFGS"、"CG"和"L-BFGS-B"方法的梯度。如果是NULL，则采用有限差分近似.对于"SANN"方法，它指定一个函数来生成一个新的候选点。如果为空，则使用默认的高斯马尔可夫核。

通过以下调用，您可以看到代码在哪里失败

> options(error = recover)
> flexsurvreg(Surv(time, status) ~ 1, data = db.survival, dist="gengamma", control = list(trace = 100))
initial  value 144.298116 
iter  10 value 131.067771
iter  20 value 128.013812
iter  30 value 127.761461
iter  40 value 127.753269
Error in optim(control = list(trace = 100), method = "BFGS", par = c(5.02274354115438,  : 
  non-finite finite-difference value [2]

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: flexsurvreg(Surv(time, status) ~ 1, data = db.survival, dist = "gengamma", control = list(trace = 100))
2: do.call("optim", optim.args)
3: optim(control = list(trace = 100), method = "BFGS", par = c(5.02274354115438, -0.0670900421918298, 0), fn = function (optpars, .

Selection: 3

之后，您将看到optim确实运行了很少的迭代，但在某些C代码中却失败了。此外，您可以看到flexsurv没有向optim提供lower或upper参数，这些参数可以与方法"L-BFGS-B"一起使用。您可以在这个小故事中看到其中一个参数具有有限的支持，这可能会对您有所帮助。