用eulerr精确的Venn图

Question

我正在尝试使用eulerr包来创建Venn图。我有两个列表，我想用它来创建Venn图。一个列表是第一个列表的子集。奇怪的是，eulerr似乎认为列表中有一个值。

b

这对那个子集来说是独一无二的。我似乎不知道它认为哪些价值观是独一无二的。

https://pastebin.com/J7tPcfAt

> length(a)
[1] 3278

> length(b)
[1] 1318

当我检查子集之间的重叠时，我得到了预期的结果：

> length(which(a %in% b))
[1] 1318

> length(which((b %in% a)))
[1] 1318

> length(which(!(b %in% a)))
[1] 0

> length(which(!(a %in% b)))
[1] 1960

但是，当我使用eulerr绘制Venn图时，我得到：

library(eulerr)
fit <- euler(list("A" = a, "B" = b))
plot(fit, counts = TRUE)

​

​

值得注意的是，eulerr认为对A是唯一的值的数量比我使用的值长一倍

length(which(!(a %in b)))

任何帮助理解这一行为将是非常感谢！

Answer 1

我知道是什么导致了这种行为，但我无法解释原因。这是因为在a和b中都有一个重复的值，而且它的值是相同的。

> a[duplicated(a)]
[1] "Crybg3"
> b[duplicated(b)]
[1] "Crybg3"

如果我从两个向量中删除这个值，它就能工作。

a1 <- a[!duplicated(a)]
b1 <- b[!duplicated(b)]

fit <- euler(list("A" = a1, "B" = b1))
plot(fit, counts = TRUE)

> fit
    original fitted residuals region_error
A       1960   1960         0            0
B          0      0         0            0
A&B     1317   1317         0            0

diag_error:  0 
stress:      0 

​

​