Bio.PDB mmcif2dict模块不可调用

Question

我使用函数retrieve_pdb_file从Bio.PDB获取蛋白质的临界结构，默认格式已从PDB更改为PDBx/mmCif。我想从cif文件的标题中提取蛋白质序列。在Bio.PDB中应该有一个名为MMCIF2Dict的简单函数来完成这个任务，但是这个模块是不可调用的。我还手动下载了cif文件，并将其放入脚本文件夹中，但仍然存在相同的错误。我的传记片是最新的。是我做错了什么，还是模块没有很好地实现？谢谢你的回答。

from Bio.PDB import *

cifFile = '1bu7.cif'
mmcif = MMCIF2Dict(cifFile)

TypeError：“模块”对象不可调用

Answer 1

该模块得到了很好的实现。代码的问题在于，您调用的是模块，而不是函数。在您的特殊情况下，模块和函数具有相同的名称，因此出现了混淆。

要解决这个问题，您需要按以下方式修复代码：

from Bio.PDB import *

cifFile = '1bu7.cif'
mmcif = MMCIF2Dict.MMCIF2Dict(cifFile)

Answer 2

尝试：

from Bio.PDB.MMCIF2Dict import MMCIF2Dict

而不是：

from Bio.PDB import *