ggplot2:如何与第三列匹配标准错误和值

Question

我有这个表(下面)，我已经把它转换成了宽到长的表，我想用logFPKM(Geom_bar)为每个按"gene_id“分组的”样本“绘制”ggplot2“。另外，我想相应地匹配每个样例-logFPKM的标准错误("se")。这是我桌子的头：

gene_id        sample logFPKM            se
PCBA_RS20130   CW     2.82138999505533   0.0510157917418624
PCBA_RS20130   CW     2.82138999505533   0.0614430466292
PCBA_RS20130   CW     2.82138999505533   0.15767922584651
PCBA_RS20130   W24    3.30091961220465   0.0510157917418624
PCBA_RS20130   W24    3.30091961220465   0.0614430466292
PCBA_RS20130   W24    3.30091961220465   0.15767922584651
PCBA_RS20130   W72    3.03503118006935   0.0510157917418624
PCBA_RS20130   W72    3.03503118006935   0.0614430466292
PCBA_RS20130   W72    3.03503118006935   0.15767922584651
PCBA_RS20135   CW     6.9229217846409    0.00450698521094983
PCBA_RS20135   CW     6.9229217846409    0.0224906710108503
PCBA_RS20135   CW     6.9229217846409    0.0917704536947984
PCBA_RS20135   W24    6.84058248620209   0.00450698521094983
PCBA_RS20135   W24    6.84058248620209   0.0224906710108503
PCBA_RS20135   W24    6.84058248620209   0.091770453694798
PCBA_RS20135   W72    5.95705243892052   0.00450698521094983
PCBA_RS20135   W72    5.95705243892052   0.0224906710108503
PCBA_RS20135   W72    5.95705243892052   0.0917704536947984

现在的代码(下面)成功地获取了sample (x)列中每个类(CW、W24、W72)的W24 (y)值。但是，每个logFPKM条都要绘制三次"se“值。我正在努力使"logFPKM“和"se”‘一起走’与示例类。如何将每个“示例”类(CW、W24、W72)的"se“值正确地关联到每个logFPKM？

ggplot(both_long, aes(x=sample,y=logFPKM,fill=factor(gene_id), ymax=logFPKM+se, ymin=logFPKM-se)) +
  geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") +
  geom_errorbar(position = "dodge") 

下面是ggplot2输出的样子：

输出

这是dput：

dput(both_long)

结构(V1=结构(c( 1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L， 1L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L)，.Label = c("PCBA_RS20130"， (PCBA_RS20135)，V2 =结构(c( 1L，1L， 1L，2L，2L，2L，3L，3L，3L，1L，1L，1L，2L，2L，2L，3L，3L，3L )，.Label = c("CW"，"W24"，"W72")，V3 = c(2.82138999505533， 2.82138999505533，2.82138999505533，3.30091961220465，3.30091961220465， 3.30091961220465，3.03503118006935，3.03503118006935，3.03503118006935， 6.9229217846409，6.9229217846409，6.9229217846409，6.84058248620209 6.84058248620209，6.84058248620209，5.95705243892052，5.95705243892052， ，V4 = c(0.0510157917418624，0.0614430466292， 0.15767922584651，0.0510157917418624，0.0614430466292，0.15767922584651， 0.0510157917418624，0.0614430466292，0.15767922584651，0.00450698521094983， 0.0224906710108503，0.0917704536947984，0.00450698521094983， 0.0224906710108503，0.0917704536947984，0.00450698521094983， )，.Names = c("V1"，"V2"， "V3"，"V4")，class = "data.frame"，row.names = c(NA，-18L)

谢谢大家的欢呼声

Answer 1

如前所述，在您的数据中，每个样本和具有不同se's的基因都有三个相同的logFPKM值。因此，您可以尝试使用交互方式独立地绘制每个值：

library(tidyverse)
both_long %>% 
  group_by(gene_id, sample) %>% 
  mutate(sample2=interaction(1:n(),sample)) %>% 
  ggplot(aes(x=sample2,y=logFPKM,fill=factor(gene_id), ymax=logFPKM+se, ymin=logFPKM-se)) +
  geom_col(position = "dodge") +
  geom_errorbar(position = "dodge") 

​

​