mvbutils R-package食品网图中的控制图布局

Question

我想想象一下我自己的R包中的函数是如何相互依赖的。为此，我使用了来自foodweb()包的mvbutils函数。

我可以在没有问题的情况下获得正确的函数依赖关系，但是图看起来有点混乱，直线相交，函数名没有垂直或水平对齐。

是否有一种方法可以类似于igraph包的工作方式来控制绘图的布局？

示例

dirPath <- "~/dev/stackoverflow/46910042"
setwd(dirPath)

## Download example Package
urlPackage <- "https://github.com/kbroman/qtlcharts/archive/master.zip"
download.file(urlPackage, destfile = "master.zip")
unzip("./master.zip", exdir = dirPath, overwrite = TRUE)

## Install or load mcbutils
if (!require(mvbutils)) install.packages("mvbutils")
thefiles = list.files(path = "./qtlcharts-master/R/", full.names = TRUE)
thefiles
## Now we load all the package files into memory, so we can have 
## foodweb generate a map of the package functions.
sapply(thefiles, source)

## Generate plot 
par(mar = rep(0.1, 4))
foodweb(border = TRUE, boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)

地块输出：

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Answer 1

迈克尔,

一种选择是在食物网的窗帘后面看一看。mvbutils::foodweb函数返回(S3)类foodweb的对象。这包括三个组成部分：

• funmat由0和1组成的矩阵，表示什么(行)称为什么(列)。这些名称是函数名。
• x以par("usr")单位表示显示中每个函数名称中心的x轴位置。
• 级以par("usr")单元在显示中显示每个函数名称中心的y轴位置。

因此，我们可以采取的一种方法是调用foodweb，但告诉它不要创建一个绘图，而是返回一个foodweb对象。这样我们就可以操纵数据目录或通过graphics::plot()外部操作mvbutils::foodweb()函数提供的缺省值。

为什么？，好吧，要做你认为我感觉是有三种选择的事情：

• 您可以使用mvbutils::foodweb()参数。
• 使用另一个绘图包返回的数据结构。
• 使用graphics::par()和graphics::plot操作返回的foodweb结构的绘图大小和属性。

很高兴知道你的喜好。不包括，我的意思是提供一个基本的例子：

绘图包示例

在使用graphics::plot的情况下，您需要看看如何操作graphics:par。par()允许您设置或查询图形参数。例如，如果要清理函数图，可以选择修改grahics::par() fin参数，以增加图形区域维度(宽度、高度)(以英寸为单位)。一个简单的例子，但我的感觉，它有助于地图和演示可供您使用的选项。

## Generate plot
if (!require(qtlcharts)) install.packages("qtlcharts")

## Here we specify `asNamespace` to get the package internals
fw <- foodweb( where = asNamespace( "qtlcharts"),
               plotting = FALSE,
               )
#Display foodweb structure
str(fw)

# Expand plot figure region dimensions...
par(fin = c(9.9,7))
# Plot fw strucuture
plot(fw, 
     border = TRUE, 
     expand.xbox = 1,
     boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)

图输出示例

请注意，函数名没有分隔开。注意，我在这里剪下了图的顶部和底部的白色。在这种情况下，您可以使用par约束，如保证金，以获得您想要的情节。

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修剪你的阴谋

mvbutils::foodweb约束中的另一个选项是使用prune和rprune选项来简化您的情节。这些都是超级强大和有用的，特别是正则表达式版本。

if (!require(qtlcharts)) install.packages("qtlcharts")
fw <- foodweb( where = asNamespace( "qtlcharts"),
               plotting = FALSE)

str(fw)
par(fin = c(9.9,7))
plot(fw, 
     border = TRUE, 
     expand.xbox = 1,
     boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)

fw <- foodweb( where = asNamespace( "qtlcharts"),
               rprune = "convert_", ## search on `convert_` to negate use `~convert_`
               plotting = FALSE)
str(fw)
par(fin = c(9.9,7))
plot(fw, 
     border = TRUE, 
     expand.xbox = 1,
     boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)

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希望上面的信息能为你指明正确的方向。在T。

Answer 2

由于有大量的数据，连接等，情节被压缩，以适应屏幕，因此它变得凌乱。

我的建议是把它保存在一个PDF或PNG的足够大的宽度和高度，然后你可以放大。这会帮你节省很多时间。例如：

## Generate plot 
pdf( "mygraph.pdf", width = 50, height = 80 )
par(mar = rep(0.1, 4))
foodweb(border = TRUE, boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)
dev.off()

此外，您还可以使用foodweb的绘图选项。

希望能帮上忙。