如果那样的话，bash语句不适用于qiime命令。

Question

我刚开始大发雷霆，一段时间以来，我一直被困在一个简单的if；然后声明上。我使用bash运行用python编写的QIIME命令。这些命令允许我处理微生物DNA。从排序的原始数据集中，我首先必须先检查它们是否符合QIIME所能处理的格式，然后才能继续执行其余的命令。

module load QIIME/1.9.1-foss-2016a-Python-2.7.11
echo 'checking mapping file and demultiplexing'
validate_mapping_file.py -m $PWD/map.tsv -o $PWD/mapcheck > tmp.txt
n_words=`wc -w tmp.txt`
echo "n_words:"$n_words
if [ n_words = '9 temp.txt' ];then
split_libraries_fastq.py -i $PWD/forward_reads.fastq.gz -b $PWD/barcodes.fastq.gz -m $PWD/map.tsv -o $PWD/demultiplexed
else
  echo 'Error(s) in map'
  exit 1
fi

如果地图是好的，我期望得到以下输出(9个字)：

No errors or warnings were found in mapping file. 

如果是坏的(16字)：

Errors and/or warnings detected in mapping file.  Please check the log and html file for details.

我想使用这个输出来为以下命令split_libraries_fastq.py设置条件。

我尝试了许多不同版本的if；然后声明，四处寻求帮助，但似乎没有任何效果。你们中有谁知道为什么“那么”命令不运行？而且，我在一个集群中运行它。

下面是映射良好时的输出，第二个命令没有运行：

checking mapping file and demultiplexing
n_words:9 tmp.txt
Error(s) in map

谢谢

Answer 1

检查shell语法，特别是双引号和参数展开。您需要一美元来扩展n_words，而双引号使它成为一个字符串，尽管有嵌入的空间。例如：

if [ "$n_words" = '9 temp.txt' ]; then
    echo "good"
else
    echo "bad"
fi

或者，考虑省略文件名并进行整数比较：

n_words=`wc -w < tmp.txt`
echo "n_words: $n_words"
if [ "$n_words" -eq 9 ]; then
#...

最后，让我警告您，计算单词数是一种错误的攻击，因为Python脚本中的无辜更改可能会破坏shell脚本。我不熟悉奇美，但他们应该提供一个有意义的退出状态。尝试：

validate_mapping_file.py -m $PWD/map.tsv -o $PWD/mapcheck > /dev/null
exit_status=$?
echo "exit status: $exit_status"

Answer 2

我认为代码可以改进。代码中的错误主要是用于在设置变量后调用变量的美元运算符。

您正在计算temp.txt中的行数。一个更好的版本是：

n_words=$(wc -l temp.txt)
if [ "$n_words" -eq 9 ]; then
  echo "${n_words} equal to 9"
else
  echo "${n_words} is not equal to 9"
fi