结合使用glmmTMB：：with ()

Question

我使用glmmTMB运行了一组23种模型。(我已经将我的模型设置为一个list，下面的示例代码)

cand.models<-list()
cand.models[[1]]<-glmmTMB(count~depth + slope + SST + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)
cand.models[[2]]<-glmmTMB(count~depth + slope + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)

我想创建一个汇总表，为cand.models中包含的每个模型提供偏差。我尝试使用broom::glance()，它应该创建一个“一行”摘要，其中包括偏差，以及诸如AIC和BIC之类的东西。

summ.table<-do.call(rbind, lapply(cand.models, broom::glance))

但是，输出不包括模型偏差！(它只包括sigma、logLik、AIC、BIC和df.residual)。有人知道为什么它没有提供这种偏差(也许是glmmTMB特有的问题)。或者，有没有人有一个替代的解决方案来提取偏差？

Answer 1

后续注释：broom不包括用于glmmTMB模型的glance方法，这意味着glance不适用于glmmTMB模型。

您正在使用的broom版本是本博尔克(bbolker)的一个叉形版本，他在该版本中添加了一个新的glance方法，该方法适用于glmmTMB模型对象。但是，这个glance方法不包括输出中的deviance。不过，从deviance = -2*log(likelihood)开始，您可以执行以下操作：

summ.table$deviance = -2 * summ.table$logLik