RcppArmadillo:使用autoconf禁用OpenMP

Question

在Dirk对这个问题的评论中，我提到了RcppArmadillo使用的configure.ac脚本，以便在构建时以编程方式检查OS上是否支持OpenMP。然后，我觉得这听起来太复杂了，对我来说没有必要，但我尝试了一些方法来避免OpenMP问题，但当我在Travis上测试它时，它似乎仍然存在。

所以我现在要做的是：

1. configure.ac

我已经(有些明目张胆地，但我当然会遵守GPL-2许可证)复制了RcppArmadillo使用的RcppArmadillo脚本，删除了一些部件(例如，LAPACK检查)和调整后的名称等等。

2. Makevars

将src/Makevars重命名为src/Makevars.in，现在它读取

PKG_CXXFLAGS = -I../inst/include @OPENMP_FLAG@
PKG_LIBS= @OPENMP_FLAG@ $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

和src/Makevars.win

PKG_CXXFLAGS = -I../inst/include -I. $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

3.清理

添加了一个包含

#!/bin/sh
rm -f config.* src/Makevars src/config.h inst/include/pkgConfigGenerated.h

4. pkgConfigated.h

添加了一个文件inst/include/pkgConfigGenerated.h.in，如下所示：

#ifndef pkg__pkgConfigGenerated__h
#define pkg__pkgConfigGenerated__h
@HAVE_OPENMP@
#endif

5. pkgConfig.h

基于RcppArmadilloConfig.h文件，我将inst/include/pkgConfig.h创建为

#if defined(WIN32) || defined(_WIN32)
   #define ARMA_USE_OPENMP
#else
   #include <pkgConfigGenerated.h>
#endif

我的问题：

• 现在，我猜我需要将#include <pkgConfig.h>添加到src中的cpp文件中，因为我相信RcppArmadillo就是这样使用它的。这是正确的吗？当我在Linux上测试它时，它抱怨没有找到它：fatal error: pkgConfig.h: No such file or directory。我还需要做些额外的连接吗？
• 我还需要做什么吗？

有效的解决方案

根据德克的回答，我做了以下工作。我从configure.ac中借用了RcppArmadillo文件，并包含了我所需要的部分，并做了一些小改动(我在这里包括了所有这些内容，以供将来参考)：

## Copyright Dirk Eddelbuettel for RcppArmadillo (GPL-2)
AC_PREREQ(2.61)
AC_INIT([pkg], 0.1.0)

: ${R_HOME=$(R RHOME)}
if test -z "${R_HOME}"; then
    AC_MSG_ERROR([Could not determine R_HOME.])
fi

CXX=$(${R_HOME}/bin/R CMD config CXX)
CXXFLAGS=$("${R_HOME}/bin/R" CMD config CXXFLAGS)

AC_LANG(C++)
AC_REQUIRE_CPP

openmp_flag=""
openmp_cflag=""

AC_MSG_CHECKING([for macOS])
RSysinfoName=$("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e 'cat(Sys.info()[["sysname"]])')
if test x"${RSysinfoName}" == x"Darwin"; then
   AC_MSG_RESULT([found])
   AC_MSG_WARN([OpenMP unavailable and turned off.])
   openmp_flag="-DARMA_DONT_USE_OPENMP"
else
   AC_MSG_RESULT([not found as on ${RSysinfoName}])
   AC_MSG_CHECKING([for OpenMP])
   allldflags=$(${R_HOME}/bin/R CMD config --ldflags)
   hasOpenMP=$(echo ${allldflags} | grep -- -fopenmp)
   if test x"${hasOpenMP}" == x""; then
      AC_MSG_RESULT([missing])
      openmp_flag="-DARMA_DONT_USE_OPENMP"
   else
      AC_MSG_RESULT([found])
      openmp_flag='$(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)'
      openmp_cflag='$(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)'
   fi
fi

AC_SUBST([OPENMP_CFLAG], ["${openmp_cflag}"])
AC_SUBST([OPENMP_FLAG], ["${openmp_flag}"])
AC_CONFIG_FILES([src/Makevars])
AC_OUTPUT

我的主要错误是，我认为在这个autoconf configure.ac 文件中自动调用了来获取 configure**，，但它不是！**

相应的Makevars.in是

PKG_CXXFLAGS = @OPENMP_FLAG@
PKG_LIBS= @OPENMP_CFLAG@ $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

(也许这两个旗子可以简化为一个，但不要修复没有损坏的.)

现在，我可以在Linux和OS上传递构建(除了OS和devel版本的R，因为RcppArmadillo无法安装，但这似乎是一个不同的问题)。

Answer 1

一到四似乎没问题，我甚至不认为你需要两份文件。只需设置ARMA_USE_OPENMP或其补体ARMA_DONT_USE_OPENMP。

考虑一下，也可以分别通过-DARMA_USE_OPENMP或-DARMA_DONT_USE_OPENMP将其添加到编译标志中。

5有点麻烦，因为您似乎不知道如何设置包含标志。有更多的理由不依赖额外的文件，嗯？-)

让我们看看进展如何。我们可以决定帮助提供一个R级函数，您可以从脚本configure (然后可以是bash，或者使用Rscript)调用R级函数。

编辑:刚刚实现了一个可以使用的简单得多的修复方法:简单地将C++98作为编译标准。正如编写R扩展所述：

相反，若要确保假定C++98标准(即使这不是编译器默认设置)，请使用 SystemRequirements: C++98 或 CXX_STD = CXX98

这也将关闭Armadillo对OpenMP的偏爱，因为它总是在C++11下运行。

Answer 2

参见我在你链接的按下中的评论：

(无法使用OpenMP)只是RcppArmadillo的情况。通过OpenMP在macOS上使用Rcpp是可能的。不过，由于R是单线程的，所以您需要警惕存在的龙。 您可以手动重获OpenMP (在RcppArmadillo中)，方法是修改RcppArmadillo的inline.R的本地安装以包含-fopenmp，并删除inst/include/RcppArmadilloConfigGenerated.h中的#define ARMA_DONT_USE_OPENMP 1

因此，您在Travis构建中遇到的问题是RcppArmadillo的二进制构建(来自CRAN)在macOS构建上永久禁用了OpenMP。

为R包编写自己的配置脚本不会覆盖已安装的RcppArmadilloConfigGenerated.h包中包含的RcppArmadillo文件。该文件随后由RcppArmadillo.h调用。唯一可以改变的方法是如果上游RcppArmadillo被修改，这反过来又依赖于Base提供适当的OpenMP检测钩子。