R: system()不能使用.bashrc中定义的bash函数

Question

问题

我的默认Python是2.7，但是我的脚本需要Python3.4。我试图在R中创建一个函数，它将：

1. 切换到Python3.4
2. 运行此脚本
3. 切换回Python2.7
4. 将结果导入R

为了在Python版本之间切换，我使用集群的"dotkit“系统，如下所示：

use Python-2.7
use Python-3.4

"use“是在我的.bashrc文件中导入的bash函数。它设置了我所有的路径变量(PATH、LIBRARY_PATH、LD_LIBRARY_PATH、CPATH、C_INCLUDE_PATH等)。问题是，当我试图在R中调用这个函数时，我会得到以下错误：

system('use Python-3.4')
sh: use: command not found

这似乎是我的道路上的一个问题。我使用的是正确的shell：

system('echo $SHELL')
/bin/bash

我的$PATH变量看起来也不错。但是，当我创建一个脚本时，基本上是这样做的：

load_py34.sh：

#!/bin/bash
source ~/.bashrc
use Python-3.4

然后通过R调用这个脚本，然后它实际上会运行，但是由于某种原因，它不会在R中更改我的python版本(我已经验证了这个脚本在命令行中工作)。

> R
> system('python --version')
Python 2.7.1
> system('sh load_py34.sh')
Prepending: R-3.4 (ok)
> system('python --version')
Python 2.7.1

所以我有点困惑，但如果有人能帮忙，我会很感激的。

建议修正

当我将它们组合成一个命令时，仍然存在相同的问题：

> system("sh load_py34.sh; python --version")
Prepending: Python-3.4 (already loaded)
Python 2.7.1

当我尝试直接调用bash时，路径仍然有问题：

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")
bash: use: command not found
Python 2.7.1

Answer 1

.bashrc只为交互式bash会话加载。

"use“是在我的.bashrc文件中导入的bash函数。它设置了我所有的路径变量。

如果通过export设置，则不会更改调用进程的环境。

出口-fnname=word] ..。所提供的名称被标记为自动导出到随后执行的命令的环境。(https://man7.org/linux/man-pages/man1/bash.1.html)

子进程通常不能访问父进程的环境。(这带来了一个问题，因为system()创建了一个子进程。)

source和.内置程序在当前的shell环境中执行命令，这就是脚本工作的原因。

其他命令(可执行的、非shell构建的)由叉和-exec机制执行，执行的shell进程分叉，创建具有相同环境和状态的子进程。这个新的子进程是执行命令的进程。对该进程的环境的更改不会复制到父进程的环境中。

这意味着您将无法依赖system('...')来修改R进程的环境或后续system()调用生成的进程的环境。

在对system()的一次调用中，您可以构造一个命令行来更改生成的shell的环境，如下所示：

bash -c 'source ~/.bashrc; use Python-3.4; python --version'

请注意，~/.bashrc并不是放置此功能的最佳位置(可能是主观的)。