使用RCurl的sftp协议--最后一步，如何将R路径从usr/lib更改为usr/lib到usr/local/lib

Question

首先--我知道这不是一个具体的代码问题，所以可以投票结束这个问题，但是我今天花了大半个时间来解决这个问题，可能需要一些帮助。我还认为这个线程可以帮助任何试图让sftp协议在R中工作的人，因为我将分享我今天所做的事情。

我一直试图更新RCurl，因此它支持sftp协议。在R中，我的协议看起来是这样的(版本和主机也是如此)：

> library(RCurl)
> curlVersion()$protocols
 [1] "dict"   "file"   "ftp"    "ftps"   "gopher" "http"   "https"  "imap"   "imaps"  "ldap"   "ldaps"  "pop3"   "pop3s"  "rtsp"   "smb"    "smbs"  
[17] "smtp"   "smtps"  "telnet" "tftp" 

> curlVersion()$version
[1] "7.43.0"

> curlVersion()$host
[1] "x86_64-apple-darwin15.0"

不是很好-没有sftp的选择.

我遵循这个线程-- http://andrewberls.com/blog/post/adding-sftp-support-to-curl --在我的机器上更新curl，并在一定程度上成功地做到了这一点。成功部分反映在我在命令行中运行以下部分时：

curl -V 
curl 7.55.1 (x86_64-apple-darwin15.6.0) libcurl/7.55.1 zlib/1.2.5 
libssh2/1.8.0
Release-Date: 2017-08-14
Protocols: dict file ftp gopher http imap ldap ldaps pop3 rtsp scp sftp smtp telnet tftp 
Features: AsynchDNS IPv6 Largefile libz UnixSockets 

太棒了，因为我的卷发更新了。但是，当我在R中加载RCurl并运行curlVersion()时，它不会被更新。我检查了我的/usr/目录的lib文件夹，并遇到了以下问题。在我的/usr/lib和/usr/local/lib中都存在libcurl文件。具体地说：

• libcurl.3.dylib、libcurl.4.dylib和/usr/lib中的libcurl.dylib
• libcurl.4.dylib、libcurl.dylib、libcurl.a和libcurl.la在/usr/local/lib中

我的/usr/local/lib目录中的文件是我想要使用的新文件，但是这里是我最头疼的地方。我将/usr/local/lib中的四个文件复制到/usr/lib中，并破坏了我的计算机。我的许多应用程序停止加载，我不得不重新安装我的OS，因为我害怕破坏任何其他东西。当我重新安装我的OS时，它会将我的文件放回它们各自的文件夹中(它们在上面的子弹中的样子)。

如果我不得不猜的话，我可能不该移动.a或.la文件.我没有把握。

最后一件事--当我在控制台中运行$ $PATH时，我得到：

$PATH
-bash: /Users/Home/.rvm/gems/ruby-2.3.3/bin:/Users/Home/.rvm/gems/ruby-2.3.3@global/bin:/Users/Home/.rvm/rubies/ruby-2.3.3/bin:/Users/Home/anaconda2/bin:/usr/local/git/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/Library/TeX/texbin:/Users/Home/.rvm/bin: No such file or directory

/usr/local/bin在/usr/bin之前。但是，我看不到/usr/local/lib或/usr/lib的任何内容--我可以将这些(/usr/local/lib)添加到我的路径中来修复吗?R中的.libPaths()给出了如下内容：

.libPaths()
"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library"

...if --它对我们有帮助

编辑--我应该注意到，所有问题的根源当然是因为在R中的curlVersion()$protocols中没有列出'sftp‘，所以当我运行RCurl::getURL()或RCurl：：ftpUpload(我希望使用ftpUpload)时，我会收到以下两个错误：

> RCurl::ftpUpload(what = 'myfile.txt', to = 'sftp://userid:userpw@ip/'myfile.txt')
Error in function (type, msg, asError = TRUE)  : 
  Protocol "sftp" not supported or disabled in libcurl

谢谢!

Answer 1

从源头上安装RCurl对我来说是个窍门！

install.packages("RCurl", type="source")

我在这里找到了解决方案-- http://www.omegahat.net/RCurl/FAQ.html --特别是以下几行。

“我不能在RCurl中使用scp或sftp，但是curl的文档似乎表明它可以，那么为什么RCurl不支持它呢？”

RCurl确实支持它，但可能的问题是您安装的libcurl版本不支持它。您可以通过命令RCurl检查您的libcurl以及因此支持的curlVersion协议。如果scp和sftp不存在，请重新安装libcurl，但使用libssh2提供支持。在安装libcurl之前，您需要安装libssh2开发库和头。在某些OSes上，您需要从源重新构建RCurl。“

总的来说，这是对我的问题从头到尾的一个伟大的总结。如果您的RCurl版本不支持sftp，您需要首先安装(在命令行) libssh2，然后重新安装libcurl，然后出于某种原因从源代码重新构建。

Answer 2

呼！最后，在一个带有rstudio的Ubuntu14.04对接容器中实现了这个功能。我把每一个问题都搞定了！但我不得不花更多的时间来计算找到所有这些东西，所以试图把所有这些都放在一个地方，让任何有这个问题的人--这就是我所做的.

在linux终端中：

apt-get install libcurl4-openssl-dev

wget libssh2 and then compile with ordinary

./configure

make

make install

wget curl and then compile

./configure --with-sshlib2=/usr/local

make

make install

如果您需要卷曲在终端使用sftp，它可能仍然没有在这一点。验证它是否使用了您刚刚安装的新libcurl.so.4。您刚刚安装的curl将安装到/usr/local/bin中，因此使用ldd验证它没有使用旧库。我使用的是一个旧的libcurl，所以我将旧libcurl链接到/usr/local/lib中的新libcurl，然后重新编译curl。

如果希望RCurl工作，请将所有新的库从/usr/local/lib (libcurl & libssh2)复制到/lib，然后移到R控制台。

在R控制台中：

install.packages("RCurl", type = "source")

验证sftp协议已启用

libcurlVersion() RCurl::curlVersion()

这些应该分别显示为libcurl和RCurl启用的协议。把你们的手指交出来！

以防万一，我也做了这些事情，可能没做什么，但我做的时候，我是在撞墙，只是保持在原地。

升级的R和R工作室-服务器

在重新安装RCurl之前删除curl和RCurl的R版本。另外，在较新的rstudio中，不确定是否需要type=“源代码”。

同样，正如Canovice所指出的，在libcurl和libssh库中移动要小心。我打破了几次网络，幸运的是，因为它是一个码头容器，我刚刚重新启动。我发现一次移动一切都是最有效的，

cp /usr/local/lib/libssh* /lib && cp /usr/local/lib/libcurl* /lib

还应该注意，我是一个R新手，所以可能有更干净的方法来实现这一点，而不是到处移动库。我尝试在rstudio中使用.libaths()，但最终放弃了。

Answer 3

在实践中，我发现尝试更新现有的curl和openssl安装比安装全新版本和更新将使用它们的PATH envar更危险

在我的例子中，我的新curl和openssl支持sftp，安装在

/usr/local/opt/curl-openssl/bin
/usr/local/opt/openssl/lib/

因此，我需要设置以下环境

PATH="/usr/local/opt/curl-openssl/bin:${PATH}"
LIBRARY_PATH="/usr/local/opt/openssl/lib/:${LIBRARY_PATH}"

在执行之前

install.packages("RCurl", type="source")