在MATLAB中创建火山图时的错误

Question

我是一个完整的MATLAB新手，我的第一个任务是创建一个火山图。我一直在使用文献资料来了解它并开始工作。

我试着用虚拟值来运行它-

a=[1 2 3]
b=[4.6 2.7 4.5]
c=[0.05 0.33 0.45]

然后我跑了-

SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

我的理解是，a代表条件1的基因表达值，b代表条件2，c是a和b中三个数据点的p值列表。

不管怎么运行这段代码都会导致错误-

Index exceeds matrix dimensions.

Error in mavolcanoplot (line 127)
appdata.effect = X(paramStruct.goodVals) - Y(paramStruct.goodVals);

Error in volc (line 4)
SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

有人能解释我哪里出了问题吗？

Answer 1

您遇到了一个问题，因为您正在使用行向量。

在mavolcanoplot函数中(您可以通过在命令窗口中键入edit mavolcanoplot来查看文件)，有一个本地函数用于检查输入，称为check_inputdata。

您的数据通过了所有验证检查，然后遇到以下部分：

% Here, 'X' and 'Y' are the local names for your inputs 'a' and 'b'
% Below code is directly from mavolcanoplot.m:

% Handle the matrix input. Use its mean values per row
if size(X, 2) > 1
    X = mean(X,2);
end    
if size(Y, 2) > 1
    Y = mean(Y,2);
end

这减少了你的输入到他们的平均水平。稍后，在主函数(第127行)中，您会遇到描述的错误，其中paramStruct.goodVals是一个3元素数组，它现在试图索引1个元素数组，但失败了！

这基本上是调试和读取文档的一课，该文档声明

DataX，DataY:如果.矩阵，每一行为一个基因，每一列为样本，为每个基因的平均表达值。

您应该使用以下几种等效方法之一来创建列向量输入

a=[1 2 3].';       % Using transpose (.') to create a column vector from a row vector
b=[4.6; 2.7; 4.5]; % Creating a column vector using the semi-colon operator to end each row
c=[0.05
   0.33
   0.45];          % Using actual code layout to create a column vector