jupyter nbconvert没有保存实际输出

Question

我有一个笔记本脚本，我运行在不同的数据集。每次运行时，我都希望将脚本(包括输出单元格)保存在数据文件夹中。

下面的命令放在我在jupyter中运行的脚本的末尾。我打算将屏幕上看到的内容保存到HTML文件中。

"here is my notebook script with inputs and ouput including graphs"

cmd='jupyter nbconvert --to html odnp_postprocessing.ipynb --output-dir '+dataFolder
os.system(cmd)

但是，not转换不导出实际的单元格。第一次运行时，它只输出输入单元格，但如果重新运行，它将最终输出输入和输出。但是，如果我更改了脚本中的某些内容，它将始终导出第一个版本。然后，我发现的唯一方法是重新启动内核，并在修改后重新运行(两次)新脚本。

从根本上说，它看起来像是nbconvert导出某种缓冲区，而这种缓冲区并不一定是用户所看到的实际输入和输出单元。

我想要做的事情，这是编程保存我的笔记本(输入和输出)到HTML，每次我运行它。

是否有命令保存当前版本的笔记本？我试图添加%笔记本之前的nbconvert命令，但大量的老输入也保存了。

我知道我可以在nbconvert中运行笔记本，但是我想避免它，因为我已经在jupyter中手动运行了它。

有什么想法吗？

在Chrome浏览器中，我正在使用jupyter。

谢谢

Answer 1

你没有告诉我们你是如何从当前的笔记本上运行nbconvert的？因此很难搞清楚事情的真相。

将当前文件转换为磁盘上的当前文件；粗略猜测:您还没有保存文件。如果您不保存您的文件，那么nbconvert很可能无法访问单元格的输出；当您第二次运行自动保存时，再次进行猜测。

记住：- Nbconvert不执行该文件

通常这样想：

• 运行笔记本；
• 保存笔记本
• 合上笔记本
• 运行nbconvert。
• 重新打开笔记本。

如果您在笔记本的末尾使用此命令以另一种格式保存它，那么您要寻找的是救生钩，它将在每次保存笔记本时触发一些代码服务器端的代码。

附带注意，了解如何使用在IPython中运行shell命令；可以使用!在CWD中执行shell命令并进行变量插值。