将数组发送到pbs脚本

Question

我有一个bash脚本，它用几个变量调用qsub：

group=group_1
normals=$(IFS=,; echo *.txt)

qsub -v VAR1=$group,VAR2=${normals[@]} [...] run_script.pbs

run_script.pbs

#PBS -l nodes=1:ppn=16  
#PBS -l walltime=2:00:00  
#PBS -l mem=10GB

group=$VAR1
normals=$VAR2

echo ${normals[@]}

在本例中，数组normals包含多个文件名，但当我试图在.pbs脚本中访问这些文件时，只有第一个文件名被打印出来。

在.pbs脚本中传递和访问数组的正确方法是什么？

Answer 1

您根本没有将文件列表存储在数组中。您只是在执行命令替换语法$(..)，并将输出存储在变量的上下文中，并尝试将其作为数组访问。

获取文件列表(不需要$(..))并将其存储在数组中的正确方法是，

shopt -s nullglob
fileList=(*.txt)

oldIFS="$IFS"
IFS=,
printf -v var_list "%s" "${fileList[*]}"
IFS="$oldIFS"
shopt -u nullglob

当nullglob没有返回当前文件夹上的任何文件时，需要使用*.txt选项来处理这种情况。不包括将一些错误吐在控制台上。当我们不再需要选项集时，我们用-u取消它。

使用printf支持的printf选项，可以将以逗号分隔格式的数组输出直接存储到变量var_list中。

现在，您可以将包含逗号分隔格式的文件列表的$var_list传递给所需的命令。

qsub -v VAR1=$group,VAR2="${var_list}"