在SLURM中运行一个大MPI作业后的顺序任务

Question

我有一个slurm作业，我使用批处理脚本启动它，例如：

#! /bin/bash -l

#SBATCH --job-name=job1
#SBATCH -o stdout.log
#SBATCH -e stderr.log
#SBATCH --ntasks=160

cd $WORK/job1

mpirun ./mympitask # 1.)

./collect_results  # 2.) long-running sequential task.

第一步(1.)但是，第二步(2)使用MPI并行运行。我需要做的只是一个任务，其余的任务应该被释放，这样我就不会占用它们或者浪费无用的CPU时间。

例如，是否可以：

( a)释放除一个任务之外的所有，并在一个CPU上运行最后一步？

( b)指定在完成批处理工作后应该运行的命令？

我在考虑在最后一步使用一个salloc呼叫。

Answer 1

SLURM提供了这两个选项。

1)在运行顺序后处理任务之前，可以

scontrol update job=$SLURM_JOBID NodeList=`hostname`

为了将作业大小缩小为，一个节点。

我不知道是否和如何将这项工作缩小到一个核心。

2)另一种选择是提交两个作业，后处理作业依赖于MPI作业：

sbatch mpijob.slurm
sbatch -d afterok:<mpijob SLURM jobid> postprocessing.slurm

重要的部分(这不是火箭科学)部分是自动检索第一个作业的作业is。