无法使用SQL和ODBC连接将R数据帧保存到filemaker Pro数据库

Question

我有一个Filemaker 12关系数据库的肺癌患者接受手术治疗。由于一个病人可能在一个或多个手术中切除了一个或多个癌症，病人特征/人口统计数据在一个表(病人)中，他们所做的手术在另一个表(治疗)中由PatientID连接，而癌症特征在另一个表(病理)中被PatientID识别，但通过切除癌症的手术表的SurgeryID连接。

我希望将所有“内部连接”数据备份为一个平面文件，其中包含每个不同癌症的记录，以及每个患者的每次手术记录(因此，如果有多个癌症和/或手术，就会有多个相同的患者记录)。

因此，我进口了三个文件表病人，治疗，病理学使用：

con = odbcConnect("LC", uid = "uid", pwd = "pwd")
PatSurg <-sqlQuery(con, paste("SELECT * FROM Patient P INNER JOIN Treatment T ON P.PatientID = T.PatientID"))
PatPath <-sqlQuery(con, paste("SELECT * FROM Patient P INNER JOIN Pathology H ON P.PatientID = H.PatientID"))
Full <- merge(PatSurg, PatPath, by = intersect(names(PatSurg), names(PatPath)))
View(Full)

这成功地创建了数据框架(Full)，就像我想要保存到一个空的、具有相同列名的Filemaker数据库中的平面文件一样，带有一个表Thoracic。

然后我想试试简单的说明：

sqlSave(con, Full, tablename = "Thoracic")

并被退回错误：

sqlSave中的错误(con，Full，tablename = "Thoracic")：表‘Thoracic’已经存在

没有被吓倒，我放下了桌子的名字，重新保存了它：

sqlDrop(con, "Thoracic", errors = FALSE)
sqlSave(con, Full, tablename = "Thoracic")

返回一个新错误：

sqlSave中的错误(con，Full，tablename = "Thoracic")：HY000 502 FileMaker (502)中的RODBC失败执行部分:字段数值验证测试失败

然后我想，也许我应该使用sqlQuery命令和INSERT，但不确定如何引用我的R数据框架作为SQL/ODBC的表达式。我试过：

sqlQuery(con, "INSERT INTO Thoracic ", Full)
sqlQuery(con, "INSERT INTO Thoracic VALUES", Full)

两人均返回：

错误的if (错误)返回(odbcGetErrMsg(通道))其他返回(不可见(Stat))：参数不能解释为逻辑附加:警告消息:在if (错误)返回(odbcGetErrMsg(通道))其他返回(不可见(Stat))：条件的长度>1，只有第一个元素将被使用

sqlAppendTable(con, "Thoracic", Full)

返回：

错误(函数(类、fdef、mtable)：无法为函数‘sqlAppendTable’找到用于签名‘RODBC’的继承方法

sqlQuery(con, "INSERT INTO Thoracic VALUES Full")

返回：

1 "42000 8310 FileMaker Full 0001/(1:29)：查询语法有错误。“2 "RODBC错误:无法SQLExecDirect‘插入胸值Full'”

如何在SQL查询中引用我的R数据框架"Full“。我看到的所有问题只与将数据从OBDC源导入到数据框架有关。这是最简单的一点！

Answer 1

我找到了明显的解决办法

我安装了WriteXLS并将数据帧导出到XLSX文件，然后使用第一行作为列名导入：

install.packages("WriteXLS")
library(WriteXLS)
WriteXLS(Full, "SQL Backup.xlsx")

然后使用Filemaker的导入功能。包含某些字符的自由文本存在一些问题，所有日期都以yyyy格式返回，而不考虑原始格式。主要问题是，如果空闲文本包含分隔符，则可能会出现行内右帧移位，因此应该是最后一列。我刚刚更正了XLSX文件中的内容，并在PatientID、SurgeryID和DiagnosisID的基础上重新导入更新。

Addit:实际上，我发现导出作为.csv可以纠正这些小问题。