Gggcorr图:无关紧要的值

Question

我用下面的代码使用ggcorrplot创建了一个关联图：

library(ggcorrplot)

corCN <- subset(csfBL, BL_Diaggroups==1, 
                select=c("log_ab38", "log_ab40", "log_ab42", "ABratio", "log_YKL", "logNgcomplete", "log_NFL"))

colnames(corCN) <- c("Aß 1-38","Aß 1-40", "Aß 1-42", "Aß 42/40", "YKL-40", "Ng", "NFL")

corrCN <- cor(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs")
p.matCN <- cor_pmat(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs")

CNcorrplot <- ggcorrplot(corrCN, type="lower", lab=TRUE, ggtheme = ggplot2::theme_classic,
                          p.mat=p.matCN, insig ="blank")

CNcorrplot2 <- CNcorrplot + ggtitle("CN") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) 

情节是这样的。

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我唯一想要更改的是，不重要的值中有"NS“，或者完全是空的(所以没有显示0)。实际上，我需要一些代码来说明：

if insig=TRUE, lab=FALSE

Answer 1

我用新的ggcorrplot选项创建了一个名为myggcorrplot的修改版lab.notsig (表示不显著关联的标签)。

下载文件这里并将其保存在工作目录中作为myggcorrplot.r。

然后，运行以下代码：

library(ggcorrplot)  
library(mvtnorm)
# A toy dataset
set.seed(1)
n <- 100
p <- 7
A <- matrix(runif(p^2)*2-1, ncol=p) 
Sigma <- cov2cor(t(A) %*% A)
corCN <- data.frame(rmvnorm(n, mean=rep(0,p), sigma=Sigma))
colnames(corCN) <- c("Aß 1-38","Aß 1-40", "Aß 1-42", "Aß 42/40", "YKL-40", "Ng", "NFL")

corrCN <- cor(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs")
p.matCN <- cor_pmat(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs")

# Load the myggcorrplot function
source("myggcorrplot.r")
# Set in the lab.notsig option the label for not significant correlations
CNcorrplot <- myggcorrplot(corrCN, type="lower", lab=TRUE, 
              ggtheme = ggplot2::theme_classic,
              p.mat=p.matCN, insig ="blank", lab.notsig="NS")

CNcorrplot2 <- CNcorrplot + ggtitle("CN") + 
                   theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) 
CNcorrplot2

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