如何利用R中的附加信息从邻接列表中创建igraph？

Question

我在表格中有相当广泛的网络数据

df <- data.frame(name= c("Sue", "Rob", "Jacob", "Terry"), 
                 f1 = c("Rob", "Sue", "Rob", "Jacob"), 
                 f2 = c(NA, "Terry", "Terry", NA),
                 f3 = c(NA, "Jacob", NA, NA), 
                 bf1 = c(1,1,1,0), 
                 bf2 = c(NA, 1, 0, NA), 
                 bf3 = c(NA, 0, NA, NA) )

f1到f3的变量指的是苏、罗布、雅各布和特里的朋友。变量bf1 to bf3指的是他们是否认为他们是最好的朋友。

现在，我想基于这个数据创建一个带有R igraph的图形项目，并包含所有信息。到目前为止，我已经：

adj_list <- subset(df, select = c(name, f1:f3))
m <- as.matrix(adj_list)
el1 <- cbind(m[, 1], c(m[, -1]))
el1 <- el1[complete.cases(el1),]
el1[2,] <- as.numeric(factor(c(el1[1,])))
g1 <- graph_from_edgelist(el1)

但我不知道如何把次要信息放到图形对象中。有什么想法吗？

Answer 1

一种方法是将数据重组为长格式。

# Get indices of columns to group together
friendsIndices <- with(dat, grep("^f", names(dat))) # strings beginning with 'f`
bffIndices <- with(dat, grep("^bf", names(dat))) # strings beginning with 'bf`

重塑

ldat <- reshape(dat, 
                varying=list(friendsIndices, bffIndices),
                direction="long", idvar="name")

# Tidy up long data -
  # remove time column
  # remove rows with `NA`
ldat <- ldat[!is.na(ldat$f1), -match("time", names(ldat))]
ldat
#          name    f1 bf1
# Sue.1     Sue   Rob   1
# Rob.1     Rob   Sue   1
# Jacob.1 Jacob   Rob   1
# Terry.1 Terry Jacob   0
# Rob.2     Rob Terry   1
# Jacob.2 Jacob Terry   0
# Rob.3     Rob Jacob   0

现在可以将数据读入igraph

library(igraph)
g <- graph_from_data_frame(ldat)

bf属性存储在edge属性E(g)$bf1中。然后，在根据此属性绘图时，可以添加边缘颜色或权重。

plot(g, 
     edge.width=2*(E(g)$bf1+1), 
     edge.color=c("red", "blue")[E(g)$bf1+1],
     edge.curved=TRUE)