安装RDKit

Question

我已经在我的Debian 9.1.064位Linux平台上安装了Spyder3.2.1当前版本的Miniconda3。Spyder表现不错，但我在安装RDKit时遇到了困难。

我遵循RDKit_Docs_current.pdf的指示

如何使用Conda安装RDKit 使用这些包创建一个安装了RDKit的新conda环境需要一个类似于以下命令的命令： $ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit 最后，必须激活新环境，以便相应的python解释器在同一个shell中可用： $ source activate my-rdkit-env

在安装过程中没有任何警告或错误消息，但是当我尝试运行一个简单的Python脚本时：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Aug 15 11:41:24 2017

@author: comp
"""

from __future__ import print_function
from rdkit import Chem

m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
m

我得到：

IPython 6.1.0 -- An enhanced Interactive Python.

runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py', 
wdir='/home/comp/Apps/Python')
Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-1-3842c59475d8>", line 1, in <module>
runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py', 
wdir='/home/comp/Apps/Python')

File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 688, in runfile
execfile(filename, namespace)

File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 101, in execfile
exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)

File "/home/comp/Apps/Python/untitled0.py", line 10, in <module>
from rdkit import Chem

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

RDKit安装在~/miniconda3/envs/mr-rdkit-env中

不幸的是，我不知道问题出在哪里，我们会非常感谢你的帮助。

提前谢谢。

Answer 1

如果您正在使用PyCharm，请尝试在File > Settings > Project Interpreter > +中安装RDKit包，然后为RDkit安装和使用安装RDKit的RDkit解释器，或者您可以在File > Settings > Project Interpreter > +解释器上引用~/miniconda3/envs/mr-rdkit-env/python.exe。

Answer 2

将当前python版本切换到python2.7，您可以创建一个环境：conda create -n my_env_name python=2.7