如何在ggplot2中控制栈条之间的空间？

Question

我正在ggplot2中绘制一个堆栈桶图。我的数据集是，

var1         var2   var3       value
treatment1  group_1 C8.0    0.010056478
treatment2  group_1 C8.0    0.009382918
treatment3  group_2 C8.0    0.003014983
treatment4  group_2 C8.0    0.005349631
treatment5  group_2 C8.0    0.005349631

var1包括5个处理，这5个处理属于var2中的两组，每个处理在var3中有14个测量值，它们的值存储在value中。

我想做一个图来比较这五种治疗方法，以及它们的测量方法。因此，我用堆栈条图来绘制，如下所示：

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我的代码：

library(ggplot2)
colourCount = length(unique(mydata$var3))
getPalette = colorRampPalette(brewer.pal(14, "YlGnBu")) #get more color from palette

ggplot(data=mydata, aes(x=var1, y=value, fill=var3))+
  geom_bar(stat="identity", position="stack", colour="black", width=.2)+
  *#geom_errorbar(aes(ymax=var3+se, ymin=var3-se, width=.1))+*
  scale_fill_manual(values = getPalette(colourCount))+

  scale_y_continuous(expand = c(0, 0))+
  mytheme

如何将前两列和其他三列组合在一起？，因为它们属于var2中的两个组。

Answer 1

上面的“重复问题”评论会给你一个类似的答案：

library(dplyr)
library(ggplot2)
dummydf <- expand.grid(var1 = paste0("trt", 1:5),
            var3 = paste0("C_", 11:15)) %>% 
  mutate(value = runif(length(var1)),
         var2 = ifelse(var1 %in% c("trt1", "trt2"), "grp1", "grp2"))


  ggplot(dummydf, aes(var1, value, fill = var3)) +
  geom_col(position = "stack") +
  facet_grid(~var2, scales = "free_x", space = "free_x") 

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这个解决方案有时是很棒的！其优点是：

1. 实现起来很简单
2. 包含顶部分层分组的标签。
3. 一般看起来不错
4. 很容易定制。

例如：

  ggplot(dummydf, aes(var1, value, fill = var3)) +
  geom_col(position = "stack") +
  facet_grid(~var2, scales = "free_x", space = "free_x") +
  theme(panel.spacing = unit(3, "cm"),
        strip.text = element_text(size = 12, family = "mono"))

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这种方法的主要缺点是：

1. 如果这已经是一个面板情节的一部分，它会使整个事情变得杂乱无章。
2. 如果您的分级组是明显的，从治疗，您可能不需要明确的标签，只是一个快速的视觉区分。例如，假设这些小组是控制/干预，你的治疗是“没有药物，安慰剂”和“药物1，2，和3”。

下面是另一种方法：

dummydf %>% 
  bind_rows(data_frame(var1 = "trt99")) %>% 
  ggplot(aes(var1, value, fill = var3)) +
  geom_col(position = "stack") +
  scale_x_discrete(limits = c("trt1", "trt2", "trt99", "trt3", "trt4", "trt5"),
                   breaks = c("trt1", "trt2",      NA, "trt3", "trt4", "trt5"),
                   labels = c("trt1", "trt2",      "", "trt3", "trt4", "trt5"))

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此解决方案有其自身的缺点，主要是您只能以有限的方式自定义空间。通过在限制、中断和标签中添加额外的false级别，您可以创建一个"false“栏，该条等于已经得到的条形宽度的整数倍数。但你不能创造一个只有半巴宽的空间。

不过，您可以在假栏空间中提供其他信息：

1. 在绘图区域中添加文本注释
2. 将NA和""在breaks和labels中替换为trt99和"<-group1 | group2->"或类似的东西。

Answer 2

我认为您只需要为您的数据集创建一个新列，该列将所有内容都标记为"treatment3“和"not treatment3”。我使用了dplyr包：

df1 = dplyr::mutate(mydata, 
    var4 = ifelse(var1 == "treatment3", "treatment3", "not treatmeant3"))