SimpleITK.Show()在Linux上生成ImageJ中的错误

Question

编辑注意:这个问题最初的措辞是

如何在linux中将SimpleITK.Show()链接到imageJ？

通过将SimpleITK 1.0.0升级到1.0.1，我能够从SimpleITK.Show()启动ImageJ。然而，ImageJ无法打开"sample_mri.hdr“。ImageJ生成以下错误消息。

文件不是支持的格式，而是读取器。 插件是不可用的，或者没有找到。 root/local/linux/ImageJ/open("/temp/TempFile-7131-2.nii")； root/local/linux/ImageJ/rename("/temp/TempFile-7131-2.nii")；

我已经为ImageJ安装了适当的插件来读取hdr/img (分析格式)。我可以通过去sample_mri.hdr直接从ImageJ打开“file>open”

调试消息：

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

FindApplication搜索路径：./Fiji.app，/cis/home/vwang/bin/Fiji.app，~/bin/Fiji.app，/opt/Fiji.app，/usr/local/Fiji.app 结果： FindApplication搜索路径：./Fiji.app，/cis/home/vwang/bin/Fiji.app，~/bin/Fiji.app，/opt/Fiji.app，/usr/local/Fiji.app 结果： FindApplication搜索路径：./ImageJ，/cis/home/vwang/bin/ImageJ，~/bin/ImageJ，/opt/ImageJ，/usr/local/ImageJ 结果： FindApplication搜索路径：./，/cis/home/vwang/bin/，~/bin/，/opt/，/usr/local/ 结果: /usr/local/bin/ImageJ 显示命令：'/usr/local/bin/ImageJ‘'-e’‘open(“/tmp/sam-4434-0.nii”)；重命名(“sample”)；’

插件：

• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/analyze.html
• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html

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如何在linux中将SimpleITK.Show()链接到imageJ？

我已经下载了ImageJ，我可以通过直接运行ImageJ查看图像。过去曾问过一个类似的问题并回答了这个问题(Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI)，但解决方案是针对windows的。的unix相当于什么？

setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe

我的python代码：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("sample_mri.hdr")
sitk.Show(img, 'sample image')

错误消息：

    return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show: 
/tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkShow.cxx:500:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [No such file or directory]

Answer 1

在Ubuntu上，我遇到了完全相同的问题，下面是解决方案：

1. 下载http://imagej.net/Fiji
2. 将斐济解压缩到主目录，~/Fiji.app
3. 将此文件夹添加到路径中

斐济将包括显示mri文件所需的所有插件，如nifti和mha。