以r表示的viridis颜色的映射值

Question

如何用预先定义的标度(如library("viridis")中的viridis )在r中创建颜色刻度函数？

问题不在于如何在format中使用它，而是如何构建一个函数，我可以将指定值域中的任意值提供给并检索相应的颜色字符串(rgb、十六进制或任何其他输出格式)。

colorRamp和colorRampPalette似乎只在给定颜色空间内的2种颜色之间进行插值。但我该怎么做，比如病毒呢？

编辑：

由于@sconfluentus的回答，我编写了以下函数，以实现我想要的功能(w/o安全检查)：

library("viridis")

number_vector <- c(0.772, 1.235, 5.78, 8.890, 10.543, 14.702)

map_viridis <- function(vec, num) {

  vector_expanded <-round(vec, 1) * 10 # expand to allow for decimal precision
  vector_exp_range <- max(vector_expanded) - min(vector_expanded)

  colour_vector <- viridis(vector_exp_range + 1) # get vector of colour values for all possible decimals between min and max value
  value_to_colour <- colour_vector[num * 10 - min(vector_expanded) + 1] # retrieve colour value for number

  return(value_to_colour)

}

map_viridis(number_vector, 0.8) # returns "#440154FF"
map_viridis(number_vector, 3.4) # returns "#424086FF"
map_viridis(number_vector, 14.7) # returns "#FDE725FF"

只是想知道是否没有更直接的方法来达到这个结果？

Answer 1

Viridis本身能够创建您正在寻找的值，只要您在自己的函数中正确使用它，并且您知道将创建多少任意值。

viridis(12)
 [1] "#440154FF" "#482173FF" "#433E85FF" "#38598CFF" "#2D708EFF" "#25858EFF" "#1E9B8AFF"
 [8] "#2BB07FFF" "#51C56AFF" "#85D54AFF" "#C2DF23FF" "#FDE725FF"

因此，您可以创建一个函数，该函数接受您的域，计算其中值的长度，然后为每个操作您的数据的任意方式创建一系列颜色。它的基础是这样的

num_vals=length(x) # substitute nrow  for length if you have rows instead of a list
col_pal = viridis(num_vals)

只要对集合进行排序，您就可以简单地使用data[1]和col_pal[1]将它们关联到pairs..or中，您可以根据选择将它们替换到函数中的方式创建成对和颜色的列表。

或者您可以使用colorRampPalette创建一个坡道

map_colors<-colorRampPalette(viridis(12)) # this would create 12 viridis colors

Answer 2

您可以使用library(colourvalues) (在CRAN 2018年10月1日)为值指定颜色。默认的调色板是viridis。

number_vector <- c(0.772, 1.235, 5.78, 8.890, 10.543, 14.702)

colourvalues::colour_values(number_vector)
# [1] "#440154FF" "#470E60FF" "#2E6E8EFF" "#20A486FF" "#44BF70FF" "#FDE725FF"

Answer 3

我觉得这能做你想做的事。其中大部分是从viridis函数的源复制的。它接受0到1之间的值，并返回一个颜色，这是沿着viridis地图的对应部分。

get_viridis_color <- function(x, opt="D", begin=0, end=1, reverse=FALSE) {
    x <- x * (end - begin) + begin
    cmap <- viridisLite::viridis.map[viridisLite::viridis.map$opt == opt,]
    if (reverse) cmap <- cmap[rev(seq_len(nrow(cmap))),]
    map_rgbs <- grDevices::rgb(cmap$R, cmap$G, cmap$B)
    ramp <- grDevices::colorRamp(map_rgbs, space="Lab", interpolate="spline")
    out_rgbs <- ramp(x) / 255
    grDevices::rgb(out_rgbs[,1], out_rgbs[,2], out_rgbs[,3])
}

不处理[0, 1]以外的值；出于某种原因，这意味着负数是#00FF00，大于1的数字是黑色的。begin和end的工作方式和在viridis()中一样，但是倒转颜色映射的方向是布尔的reverse参数，而不是1或-1 direction参数。不同的opt值给出了岩浆("A")、地形图("B")和等离子体("C")图，而不是病毒图。