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问在OSX / MAC上绑定GDAL与R-不能打开/浏览R中的h4文件
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Stack Overflow用户

提问于 2017-08-09 19:04:11

回答 1查看 912关注 0票数 2

不知何故，我在我的macbook上搞砸了一个gdal安装。以前，代码用于在H4中打开和操作R文件(.hdf)。同样的代码也能在我的桌面上运行。然而，现在，代码工作在我的桌面上，而不是我的笔记本电脑。同样的密码。同样的数据。

我怀疑这与试图通过conda安装python支持有关。

现在，如果我在Bash命令行中对hdf文件运行gdalinfo，那么它读取该文件就很好了。但是，如果我在R中运行这段代码--使用GDALutils函数get_subdatasets()：

get_subdatasets("MOD09GA.A2016199.h09v05.006.2016201065406.hdf")

它返回错误：

ERROR 4: `data/week6/modis/reflectance/17_july_2016/MOD09GA.A2016199.h09v05.006.2016201065406.hdf' not recognised as a supported file format.

gdalinfo failed - unable to open 'data/week6/modis/reflectance/17_july_2016/MOD09GA.A2016199.h09v05.006.2016201065406.hdf'.
Error in split1[[1]] : subscript out of bounds
In addition: Warning message:
running command '"/usr/local/Cellar/gdal/1.11.5_3/bin/gdalinfo" "data/week6/modis/reflectance/17_july_2016/MOD09GA.A2016199.h09v05.006.2016201065406.hdf"' had status 1

similarly using another package - rgdal I run the function,  `gdalinfo()`

 `Warning message: running command '"/usr/local/Cellar/gdal/1.11.5_3/bin/gdalinfo" "data/week6/modis/reflectance/17_july_2016/MOD09GA.A2016199.h09v05.006.2016201065406.hdf"' had status 1` 

I realize these are two different packages and associated functions. 

I found this post:

- [https://gis.stackexchange.com/questions/199647/hdf-files-in-gdal-throwing-an-error-in-r-gdalinfo](https://gis.stackexchange.com/questions/199647/hdf-files-in-gdal-throwing-an-error-in-r-gdalinfo) 

but the code `gdal_chooseInstallation(hasDrivers=c("HDF4","HDF5"))` 

returns 

 `Error in gdal_chooseInstallation(hasDrivers = c("HDF4", "HDF5")) :    No installations match.` 

NOTE: Interestingly this same code on my desktop (that is able to read the files in R) also returns an error even though it can find the drivers). 

Naturally I know that the drivers exist on my computer because I am able to explore h4 files at the command line outside of R. And I know my code is just fine because it works on my desktop on the same data with the same directory structure.

Any ideas how I can clean my gdal slate on my mac to remove potential conflicts OR to direct R to the correct gdal version (i am not sure what that version is however!)? This is something specific associated with binding gdal to R that i'm not sure how to tackle.

UPDATE:  Running this in R:

`system("gdalinfo --version")`

Returns: 

`GDAL 1.11.5, released 2016/07/01`

Yet at the command line

`gdalinfo --version`

Returns 

`GDAL 2.1.0, released 2016/04/25`

Thank you for any leads... Leah 

UPDATES: i have finally figured out how to link and unlink gdal 2 vs 2 and i have figured out how to use brew to install hdf4 however at this point, i can't reinstall gdal2 

I am using the tutorial here:

[https://www.karambelkar.info/2016/10/gdal-2-on-mac-with-homebrew/](https://www.karambelkar.info/2016/10/gdal-2-on-mac-with-homebrew/)

This worked yesterday but then i needed to install the h4 libraries to i removed gdal2

```javascript

brew删除gdal2

安装h4库

brew安装hdf4

And then tried to reinstall following the directions in the tutorial.

Here is what i get at this point

```javascript

$ brew安装gdal2

OUTPUT:

```javascript

==>从osgeo/osgeo4mac安装gdal2

警告:使用cfitsio代替已废弃的自制/science/cfitsio

==>使用Homebrew提供的fortran编译器。

这可以通过设置FC环境变量来更改。

==>下载http://download.osgeo.org/gdal/2.2.1/gdal-2.2.1.tar.gz

已下载: /Users/leah-su/Library/Caches/Homebrew/gdal2-2.2.1.tar.gz

==> ./configure前缀=/usr/local/c业力/gdal2 2/2.2.1-下颌骨=/usr/local/Cella

来自/Users/leah-su/Library/Logs/Homebrew/gdal2/01.configure:的最后15行

检查SDget_maxopenfiles在-lmfhdf..。是

检查H5Fopen在-lhdf5..。是

检查kea-config.不是

去找凯..。不是

检查nc-config./usr/local/bin/

使用nc检查libnetcdf编译器和链接器标志.

得到version="netCDF 4.4.1.1"，prefix=“/usr/local/c业力/netcdf/4.4.1.1_6”，

libs="-L/usr/local/Cellar/netcdf/4.4.1.1_6/lib -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lsz -lz -ldl -lm -lcurl"，includedir="/usr/local/Cellar/netcdf/4.4.1.1_6/include“

检查nc_open在-lnetcdf..。是

在libnetcdf中检查netcdf-4 (和HDF5)支持。是

检查libnetcdf中的HDF4支持。不是

配置:使用/usr/local中的JasPer库。

检查jp2_encode_uuid在-ljasper..。不是

配置:未找到被黑的JasPer版本，GeoJP2已禁用。

配置:错误: openjpeg.h未在/usr/local/include/openjpeg-2.0或/usr/local/include/openjpeg-2.1中找到

如果报告这一问题，请在以下地点(不是Homebrew/brew或Homebrew/core)这样做：

https://github.com/osgeo/homebrew-osgeo4mac/issues

这些未决问题也可能有助于：

brew安装osgeo/osgeo4mac/gdal2-mrsid失败https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/issues/250

使用公共标志gdal2生成https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/issues/245失败

无法在OS 10.12.6 https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/issues/252上升级https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/issues/252

请在gdal2公式https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/issues/220中添加--没有-pdfium选项。

使用osGeo4mac的gdal2与自制核心的后置https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/issues/185

gdal1-mrsid和gdal2-mrsid无法构建https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/issues/213。

macos

gis

gdal

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2017-08-10 22:21:43

好的..。对于外面的MAC用户..。我终于解决了这个问题。如果您转到brew公式代码，您将注意到在通过brew安装gdal时不支持hdf4。

这就是我在代码中遇到的情况。我认为类似的conda构建也可能类似，osgeo/4mac也是如此。

https://github.com/Homebrew/homebrew-core/blob/master/Formula/gdal.rb

https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac

当您安装gdal -R时，查找最新安装的版本并默认使用该版本。但是，可以在.bash_profile文档中指定所需的生成。此外，国王混沌分布-它有gdal 2.1确实支持h4。所以我所做的：

转到KyngChaos并获得GDAL2.1完整的发行版。陶醉于与此网站相关的尖端网站设计:)
在mac上安装gdal complete 2.1
接下来，通过shell打开您的.bash_profile (它是一个隐藏文件)

```javascript

转到bash中的主目录

cd

# open .bash_profile using your favorite text editor and whatever shortcut you have setup

vim .bash_profile

# add path to gdal to your profile (copy and paste or do it via shell)

export PATH=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs:$PATH

# save and close

最后--清理R中的东西，如果你使用的是gdalUtils和rgdal，一定要同时删除两者。删除它们，然后重新安装。重启R.

现在一切都应该正常了。希望这能帮助其他人解决同样的问题。

票数 2

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/45598772

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