SAS:根据多线诊断排除患者，并计算发病率。

Question

我有数百万患者遭遇的大型数据集，其中包括诊断、时间戳、patientID和人口统计信息。

对于每个病人，他们的诊断被列在多个线上。我需要排除有特定诊断的病人(282.1)，并计算2014年其他疾病的发病率。

IF diagnosis NE 282.1; 

这在数据步骤中不起作用，因为它没有考虑到其他行上的其他诊断。

如果可能的话，我也想按疾病计算发病率。

这是数据外观的一个例子。有多条有多种诊断的线路。

PatientID   Diagnosis   Date    Gender  Age
1           282.1       1/2/10      F   25
1           232.1       1/2/10      F   87
1           250.02      1/2/10      F   41
1           125.1       1/2/10      F   46
1           90.1        1/2/10      F   58
2           140         12/15/13    M   57
2           132.3       12/15/13    M   41
2           149.1       12/15/13    M   66
3           601.1       11/19/13    F   58
3           231.1       11/19/13    F   76
3           123.1       11/19/13    F   29
4           282.1       12/30/14    F   81
4           130.1       12/30/14    F   86
5           230.1       1/22/14     M   60
5           282.1       1/22/14     M   46
5           250.02      1/22/14     M   53

Answer 1

双读解

直进版

你说你先对数据进行排序，可能是这样

proc sort data=MYLIB.DIAGNOSES;
    by PatientID;
run;

假设您的数据是由patientID排序的，您可以先处理每一个带有诊断的数据以排除数据。

data WORK.NOT_HAVING_282_1;
    set MYLIB.DIAGNOSES (where=(diagnosis EQ 282.1)) 
        MYLIB.DIAGNOSES (where=(diagnosis NE 282.1));
    by PatientID;

我们需要按年份，而不是按日期报告：

year = year(Date);

下一步是排除不需要的诊断，因此需要记住是否发生了不必要的诊断：

    retain has_282_1;
    if first.PatientID then has_282_1 = 0;
    if diagnosis EQ 282.1 then has_282_1 = 1; 

然后在2014年保留对没有282.1的病人的其他诊断

    else if not has_282_1 then output;
run;

接下来，您可以使用SQL来计算所需的内容。

proc sql:
    create table MYLIB.STATISTICS as 
    select year, Diagonsis, count(distinct PatientID) as incidence
    from WORK.NOT_HAVING_282_1
    group by year, Diagonsis;
quit;

改进

上述解决方案需要更多的处理能力，因此需要：

• 您从diks中读取DIAGNOSES，然后将FIRST_282_1写到磁盘上，然后再读取它。
• 对于同一病人，您可以在同一年的不同日期对同一诊断进行多次观察，因此需要count(distinct PatientID)，这是一项昂贵的手术。

关于诊断282.1，我们只需要知道谁曾被诊断过：

proc sort noduplicates
    data=MYLIB.DIAGNOSES (where=(diagnosis EQ 282.1))
    out=WORK.HAVING_282_1 (keep=PatientID);
    by PatientID;
run;

关于其他诊断，我们也需要这一年，在这里：

data WORK.VIEW_OTHER / view=WORK.VIEW_OTHER;
    set MYLIB.DIAGNOSES (where=(diagnosis NE 282.1));
    year = year(Date);
    keep PatientID year Diagnose;
run;

但是，在使用视图之前，我们不实际读取和计算任何内容：

proc sort noduplicates
    data=WORK.VIEW_OTHER (where=(diagnosis EQ 282.1))
    out=WORK.OTHER_DIAGNOSES;

    by PatientID year Diagnose;
run;

现在事情变得更简单了。我们使用临时变量exclude和other来指示数据的来源。

data WORK.NOT_HAVING_282_1;
    set WORK.HAVING_282_1 (in=exclude)
        WORK.OTHER_DIAGNOSES (in=other);
    by PatientID;

    retain has_282_1;
    if first.PatientID then has_282_1 = exclude;

    if other and not has_282_1 then output;
run;

proc sql:
    create table MYLIB.STATISTICS as 
    select year, Diagonsis, count(*) as incidence
    from WORK.NOT_HAVING_282_1
    group by year, Diagonsis;
quit;

备注:此代码未进行测试。