在Linux 7上没有与R合作，该如何解决呢？

Question

我一直在我的Linux CentOS 7系统上使用R和Rscript，而且一切都很好。

今天，我试图安装一个软件包，clusterSim，但我的R环境似乎不再工作了。以下是我遇到的错误：

install.packages("clusterSim")；使用本地文件'/home/davide/miniconda3/lib/R/doc/CRAN_mirrors.csv‘错误:对于“tcltk”，.onLoad在loadNamespace()中失败，详细信息: call: loadNamespace(libname，pkgname)错误:无法在以下目录中找到可用的init.tcl :/opt/anaconda1anaconda2anaconda 3/lib/tcl8.5 ./library ./tcl8.5.18/init.tcl。 这可能意味着Tcl没有正确安装。

我试着安装tcl，我收到了这样的消息：

数独yum -y安装tcl 加载插件:fastest镜像，langpack从缓存的主机文件中加载镜像速度* base: centos.mirror.rafal.ca * epel: mirror.math.princeton.edu * extras: mirror2.变异-host.com* ius: mirror.team-cymru.org *nux: li.nux.ro *li.nux.ro*更新: centos.mirror.iweb.ca包1:tcl-8.5.13-8.el7.x86_64已经安装，最新版本什么也不做

知道如何解决这个问题吗？谢谢

Answer 1

多亏了GitHub上的一些朋友，我才能解决这个问题。

问题是，现在我的笔记本电脑上有多个版本的R：

1. /usr/bin/R：我想使用的标准版本；
2. ~/miniconda3/bin/R：Miniconda安装的版本，它给我带来了所有的麻烦。

首先，我必须了解系统默认使用的版本。我可以使用which R命令来完成它，该命令返回~/miniconda3/bin/R

然后我意识到，我可以通过告诉系统停止使用R Miniconda版本，转而使用/usr/bin/R版本来解决这个问题。

我是通过编辑~/.bashrc文件来做到这一点的。在$PATH中，我最喜欢的R版本路径必须在 Miniconda路径之前写成。

因此，我的~/.bashrc文件现在如下所示：

PATH=/usr/local/bin:$PATH
PATH=/usr/bin:$PATH
...
export PATH="$PATH:/home/davide/miniconda3/bin"

就是这样，我希望这能帮上忙！

Answer 2

与此相关的内容已经被报告为bug，但部分更正后被关闭。

你试过这个吗？

install.packages("clusterSim", repos='http://cran.us.r-project.org')

查看这获得更多信息！

Answer 3

在我看来，你使用的是conda安装的R。当您在终端中使用/usr/bin/R打开R时，您是否也会遇到这个问题，因为我相信which R会指向您的conda存储库。

有关额外信息，请参见如何安装没有在conda存储库中的R包？。

我使用以下两种方法之一解决了这个问题：

1. 在安装软件包之前，我选择我的CRAN镜像手动chooseCRANmirror(graphics=F)
2. 在安装之前，我关闭了图形菜单options("menu.graphics"=F)
3. 确保conda在路径中的/usr/bin中，检查您的~/..bashrc