如何在shell中填充带有文件名的变量

Question

我有一个包含一些文件的文件夹，我正在尝试用逗号分隔的文件名填充一个变量。这就是我到目前为止尝试过的

包含所需文件的文件夹

examples/NMD_DBL1.tiny.bam
examples/NMD_DBL2.tiny.bam
examples/NMD_WT1.tiny.bam
examples/NMD_WT2.tiny.bam
examples/SRR2240277.bam
examples/SRR2240278.bam

当我运行这个程序时，我得到以下信息

for i in examples/*bam; do echo $i | cut -d "/" -f 2 | tr "\n" ","; done
NMD_DBL1.tiny.bam,NMD_DBL2.tiny.bam,NMD_WT1.tiny.bam,NMD_WT2.tiny.bam,SRR2240277.bam,SRR2240278.bam,[upendra_35@rogue python]$ 

当我试图将输出赋值给一个变量时，我只得到一个文件名，后面跟着逗号。

for i in examples/*bam; do new=$(echo $i | cut -d "/" -f 2 | tr "\n" ","); done
echo $new
SRR2240278.bam,

如何将所有文件都放入变量new中，用逗号分隔如下？

new=NMD_DBL1.tiny.bam，NMD_DBL2.tiny.bam，NMD_WT1.tiny.bam，NMD_WT2.tiny.bam，SRR2240278.bam 2240277.bam，SRR2240278.bam 2240278.bam

Answer 1

在巴什

请注意，只有当您的脚本使用bash而不是sh运行时，才能保证下面的脚本工作；确保它以#!/usr/bin/env bash、#!/usr/bin/env bash或类似的方式开始。

要用文件列表填充数组，请执行以下操作：

files=( examples/*.bam )     # put your list of names into an array
files=( "${files[@]##*/}" )  # remove directory names from each

然后将该数组的内容放入逗号分隔的字符串中：

IFS=,
files_str=${files[*]}

...or，如果您不想修改IFS

printf -v files_str '%s,' "${files[@]}"  # expand the format string '%s,' for each
files_str=${files_str%,}                 # remove the last comma

在任何POSIX外壳中

除了一个:参数列表之外，基线POSIX shell中不保证数组。如果不想覆盖全局参数列表，则可以生成具有函数的作用域参数列表。因此：

comma_separated_file_list() {
  # check that the first argument exists
  # if it doesn't, then the glob that generated our list came up empty
  [ -e "$1" ] || [ -L "$1" ] || return

  # consume arguments one at a time, append a "," after each that isn't last.
  while [ "$#" -gt 0 ]; do
    if [ "$#" -gt 1 ]; then
      printf '%s,' "${1##*/}"
    else
      printf '%s' "${1##*/}"
    fi
    shift
  done
}

new=$(comma_separated_file_list examples/*.bam)

这样做的好处是，如果不存在examples/*.bam的匹配项，则变量new将为空( comma_separated_file_list函数将返回错误的退出状态，您可以继续使用该状态)。

Answer 2

我认为把整个for循环的输出分配给new应该有效，

new = $(for i in examples/*bam; do echo $i | cut -d "/" -f 2 | tr "\n" ","; done) echo $new

Answer 3

files=$(printf "%s," *.bam)   # files a trailing comma
files=${files%,}              # ... but not any more

这里使用的技巧是，printf具有这样的属性:如果它有比转换说明符更多的参数，它会通过格式字符串重复附加参数。强制性演示：

$ printf "(%s - %s)\n" a b c d e f g h
(a - b)
(c - d)
(e - f)
(g - h)

因此，使用"%s,"，我们可以遍历参数并在每个参数中添加一个逗号；但是，当然，我们希望逗号分开，而不是终止。普通的旧POSIX ${var%pat}扩展解决了这个问题。

如果*.bam不匹配呢？然后files最终得到了*.bam；检查一下可能是个好主意。