用python3.5使用rPython导入numpy

Question

我的R版本是3.4.1，python版本是3.5.2，操作系统是Ubuntu16.04.2

我在安装RPYTHON_PYTHON_VERSION=3.5时设置了rPython，这是rPython的默认版本。

♥ python.exec('import sys')
♥ python.exec('print(sys.version)')
3.5.2 (default, Nov 17 2016, 17:05:23)
[GCC 5.4.0 20160609]

当我通过rPython导入numpy时(在python3.5中使用导入numpy没有问题，一切都很好。)，我得到了以下内容：

♥ python.exec('import numpy')
Error in python.exec("import numpy") :
Importing the multiarray numpy extension module failed.  Most
likely you are trying to import a failed build of numpy.
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all
files not under version control).  Otherwise reinstall numpy.

Original error was: /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/numpy/core/multiarray.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: PyType_GenericNew

但是，如果我设置了RPYTHON_PYTHON_VERSION=2并重新安装了rPython，那么导入numpy就能工作。如何使用python3.5在rPython下成功导入numpy？

Answer 1

首先，您可以从R/rPython将任何包导入python 3.5.3中吗？

我也有这个问题。我得到的错误与海报完全相同(numpy不会加载)。后来我发现我不能导入任何包。不过，我可以在python 2.7.13和python 3.5.3中导入包(只是不能通过R/rPython)。这使我相信这是一个'rPython‘R包错误。以下是我为解决这一问题所做的努力：

1)我尝试过安装/重新安装R包rPython，以使用python2.7.13或python3.5.3。我可以通过重新安装rPython包将R连接到python2.7.13：

install.packages("rPython",lib= "home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4", configure.vars= "RPYTHON_PYTHON_VERSION=2")

安装期间使用"RPYTHON_PYTHON_VERSION=3“也同样允许我将R与python3.5.3连接起来。当rPython连接到python2.7.13时，我可以从R调用"import“，但当连接到3.5.3时则不能调用。

2)我已经找到了以前安装和卸载过的所有矮胖的和枕木的。对于python 2.7.13和python 3.5.3，我都有几个副本。使用pip和pip3重新安装没有解决问题(为了安全起见，我提前重新启动了R)。

从这两个帐户来看，这似乎是R包'rPython‘的一个问题。您可以尝试R中更新的“网状”包，看看这是否更适合您。然而，当我使用网络连接R和python时，我还没有能够让并行线程工作，不幸的是，这正是我需要做的。然而，当使用'rPython‘时，线程确实工作得很好，但是我需要的包需要python 3+。如果我能解决这个问题，我会继续进行故障排除并更新这个帖子。同时，给‘网状’一个机会，这是一个非常整洁的包。

编辑i能够使用‘网状’包从python3.5.3在R中加载numpy。

EDIT2对于那些将来发现这篇文章的人来说，我能找到的唯一解决方案是使用python3代码和R多线程一起使用系统调用python文件(python3 "path_to_python_script“arg1 arg2 arg3)。