改进距离计算

Question

我已经建立了自己的距离(让我们称之为x)。现在，我有一个矩阵，我需要计算距离。将x作为包含每个示例内容的矩阵，编写的获取距离矩阵的代码如下：

# Build the matrix
  wDM <- matrix(0, nrow=nrow(x), ncol=nrow(x))

# Fill the matrix
  for (i in 1:(nrow(wDM)-1)){
    for (j in (i+1):nrow(wDM)){

    wDM[i,j] <- wDM[j,i] <- d1(x[i,], x[j,])

  }
}

我要执行这个程序好几次。所以，我想知道是否有一种更快的方法来填充距离矩阵wDM ，而不是使用两个for循环。

非常感谢,

Answer 1

您可以使用来自proxy package的proxy package。它允许您通过设置参数method = #yourDistance来指定用户定义的距离函数，默认设置为euclidean。查看这里的文档：https://cran.r-project.org/web/packages/proxy/proxy.pdf