linux脚本中的模块加载命令

Question

我需要在HPC集群中执行Python脚本。不幸的是，默认的python版本仅为2.6.6，并且没有numpy和scipy。

我可以在命令行中加载这些模块。

#module load /home/hw1u16/modules/2.7.3

和

module load /home/hw1u16/modules/1.6.2

但是，当我像这样编写bash脚本时

module load /home/hw1u16/modules/2.7.3
module load /home/hw1u16/modules/1.6.2
python /home/hw1u16/project/trainAgent.py

它警告我

ModuleCmd_Load.c(200):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for '/home/hw1u16/modules' ModuleCmd_Load.c(200):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for '/home/hw1u16/modules'我不知道怎么回事，有人能帮我吗？

Answer 1

我遇到了一个类似的问题，并找到了两个解决方案：

1. 与使用sh yourscript.sh或./yourscript.sh运行脚本不同，您可以以. yourscript.sh的形式运行它--这将正确地获取模块并运行脚本
2. 如果您不想使用. yourscript.sh，您可以像戴维C的答案中所指出的那样，将您的shebang从#!/bin/sh修改为#!/bin/bash，并以./yourscript.sh的形式运行您的脚本，注意，以sh yourscript.sh的形式运行它是行不通的

Answer 2

好吧，我想我知道问题出在哪里了。从shell中尝试type module，看看module当前是如何在系统中定义的。您将收到两个选项:要么是别名，要么是函数。这是因为module命令是alias或shell function。

假设您的脚本是以下running.sh：

#!/bin/bash  
module load python/2.7.3
python /home/hw1u16/project/trainAgent.py

(添加shebang是一个好做法)

要解决这个问题，您有两个选项：

• 备选案文1：

source的场景。换句话说，do：source running.sh。这与将module命令直接输入交互式shell完全相同。但是，通过执行./running.sh，您将运行一个新的、非交互式的shell。它们通常没有设置标准别名和shell函数。

• 备选案文2：

查找定义module命令的初始化脚本，并从脚本中对其进行source